Программы для ЭВМ

Программа принимает данные геномного секвенирования и базу мобильных элементов для данного вида организмов. Также необходимо наличие референсного генома, соответствующего изучаемому организму. Данные секвенирования должны быть в виде парно-концевых чтений на приборе illumina. В качестве результатов работы программа выдает таблицу, в которой строками являются локусы встраивания ME в геном, в виде геномных координат, а столбцами являются Illumina библиотеки, поданные на вход программе. В каждой ячейке выходной таблицы указывается количество парных нуклеотидных чтений, подтверждающих конкретное встраивание. Анализ основан на раздельном картировании каждого тага парных чтений на геном исследуемого организма и базу данных ME. Результаты могут быть использованы как для изучения "подвижности" мобильных элементов, так и для изучения генетических отношений между исследуемыми образцами на основе данных о мобильных элементах. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и выше

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (ParserGB) для получения genbank файлов из базы данных NCBI, с возможностью парсинга полей метаданных и представления их в табличном виде. Genbank файл представляет собой текстовый файл, содержащий как правило нуклеотидную или аминокислотную последовательность, ее аннотацию и метаинформацию об авторах и изучаемом объекте. На вход программе подается один или несколько идентификаторов последовательностей в базе данных GenBank NCBI. На выходе пользователь получает табличный файл, содержащий идентификаторы последовательностей и их метаданные, например: список авторов, название изучаемого организма, место сбора, координаты сбора и другие характеристики, которые указаны в genbank файле. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчёта центробежного компрессора, служащего для прокачивания диоксида углерода. Конструкция компрессора одновальная, включающая несколько последовательных ступеней с рабочими колёсами одинакового диаметра с разной шириной проточной части, с небольшой степенью сжатия в каждой ступени. Для заданных исходных данных программа подбирает параметры компрессора, максимальный изоэнтропийный к.п.д. ступени. В расчёте учитывается отклонение действительного процесса в каждой ступени от изоэнтропийного. Функциональные возможности: определение диаметра рабочего колеса компрессора, углов установки лопатки на входе и выходе из колеса, ширины колёс, числа оборотов ротора, мощности компрессора. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Windows. С++

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (CircValid) для поиска, аннотации и визуализации кольцевых РНК, используя данные наиболее популярных биоинформатических предсказателей регуляторных молекул. С помощью программы пользователи могут конструировать ДНК-праймеры для валидации кольцевых РНК в транскриптоме при помощи полимеразной цепной реакции и определять специфичность ДНК-праймеров. Программа - это удобный набор инструментов, автоматизированный при помощи docker, используемый для изучения кольцевых РНК и не требующий специальных навыков пользователя. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программный комплекс (ПК) BARSTR предназначен для трехмерного нейтронно-физического моделирования стационарных состояний и динамики водо-водяных реакторов транспортного назначения. В состав ПК BARSTR входят коды BARS и UNK. Код BARS выполняет трехмерный нейтронно-физический расчет реактора, а код UNK рассчитывает нейтронно-физическую базу данных для кода BARS. ПК позволяет рассчитывать стационарные состояния реактора на любом допустимом уровне мощности, а также моделировать кампанию реактора, ксеноновый переходной процесс и быстрые штатные и аварийные переходные процессы на мгновенных и запаздывающих нейтронах. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC; ОС: DOS, WINDOWS. Fortran

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для автоматического заполнения онлайн таблицы (Google Sheets) результатами обработки данных рентгенограмм. Программа позволяет: сводить количественную информацию о предварительно обработанных данных, получаемых в ходе эксперимента, без активного участия пользователя; оценить качество данных для определения последующей стратегии в обработке данных. Входными параметрами данного программного обеспечения являются: имя Google Sheets, путь к результатам программы Cheetah и файл с прописанным соответствием об имени колонки в онлайн таблице и колонки в Cheetah crawler. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS, Windows. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для отображения статистических характеристик обработанных данных рентгенограмм для последующей оценки качества обработанных данных. Данный инструмент позволяет проводить сканирование входных данных, масштабирование и попарное соотношение статистических характеристик, относящихся к одному объекту исследования. Программа позволяет производить сравнительный анализ путем отображения статистических кривых для многих образцов путём построения их в одной области с одинаковым масштабом. Необходимость данного инструмента позволяет ускорить принятие решения о последующей обработке данных, а именно - восстановление структуры белков. Программа также позволяет производить оценку чистоты данных и после этапов компрессии данных. Программа получает входные файлы в следующих форматах: любой файл со статистической характеристикой, являюшийся выходным для partilator, CrystFEL. Выходным файлом данной программы является графическая визуализация статистических характеристик в формате и с названием, указанным пользователем. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Windows, Linux, macOS. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для проверки полноты обработанных данных рентгенограмм с помощью внешнего программного пакета CrystFEL. Основная задача программы состоит в выявлении списков данных, которые не были обработаны полностью, и при наличии определенного подаваемого на вход программе параметра производится запуск скрипта, соответствующего недообработанному списку данных. При обработке данных на кластере возможны перебои работы самого кластера и/или потеря части пула задач, что приводит к полной или частичной не дообработки данных. Таким образом, программа позволит перезапустить задачи на повторную обработку данных. Входными данными являются: путь к результатам обработки данных пакетом CrystFEL, а также возможные параметры в виде файла со списком блоков данных интереса и флага, который позволяет программному обеспечению работать в двух режимах - чистая оценка полноты обработки данных или тоже самое с возможностью перезапуска необработанных списков данных. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS, Windows. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для моделирования выхода радионуклидов, в том числе пониженной степени летучести, при нормальной эксплуатации реактора и при авариях (в том числе тяжелых) при условии достижения температуры топлива не выше 3000К. Моделирование может быть как твэлов ТВС в тепловом реакторе, так и в БВ. Программа предназначена для расчета выходов ПД из топлива под оболочку твэл (в газовый зазор), либо, в случае неплотностей (или разрушения оболочки), в рассматриваемый объем. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК. ОС: Linux. Fortran

Федеральное государственное бюджетное учреждение Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU) Акционерное общество «Российский концерн по производству электрической и тепловой энергии на атомных станциях» (RU)

Программа предназначена для расчета температур воздуха, топлива и конструкционных материалов в приреакторном бассейне выдержки отработавшего топлива РБМК в случае его полного обезвоживания. В программе используется двумерная модель отсека бассейна выдержки в поперечном сечении, а также часть реакторного зала, расположенная непосредственно над отсеком. Для расчета температуры и двумерной скорости движения воздуха используются уравнения сохранения массы, энергии и импульса. Учитываются эффекты трения при прохождении воздуха через решетку ТВС и щелевое перекрытие. Движение воздуха в реакторном зале непосредственно над бассейном моделируется в явном виде, а связь с остальным объемом реакторного зала учитывается эффективным образом. Для решения двумерных уравнений используется равномерная сетка с разным шагом в горизонтальном и вертикальном направлении. Программа позволяет исследовать температурные режимы бассейна выдержки при запроектной аварии, вызванной быстрым осушением, при различных условиях ее возникновения и мерах по управлению. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; Windows, Linux. Fortran

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (НИЦ «КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ») (RU) Акционерное общество «Российский концерн по производству электрической и тепловой энергии на атомных станциях» (АО «Концерн Росэнергоатом») (RU)