+7 499 196 95 39
Программа принимает данные геномного секвенирования и базу мобильных элементов для данного вида организмов. Также необходимо наличие референсного генома, соответствующего изучаемому организму. Данные секвенирования должны быть в виде парно-концевых чтений на приборе illumina. В качестве результатов работы программа выдает таблицу, в которой строками являются локусы встраивания ME в геном, в виде геномных координат, а столбцами являются Illumina библиотеки, поданные на вход программе. В каждой ячейке выходной таблицы указывается количество парных нуклеотидных чтений, подтверждающих конкретное встраивание. Анализ основан на раздельном картировании каждого тага парных чтений на геном исследуемого организма и базу данных ME. Результаты могут быть использованы как для изучения "подвижности" мобильных элементов, так и для изучения генетических отношений между исследуемыми образцами на основе данных о мобильных элементах. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и выше