Программы для ЭВМ

Программа предназначена для конвертации размеченных данных между форматами UIMA XMI и BioNLP-ST 2011 format, сбора статистики по размеченным документам, сравнения разных версий разметок одного документа, созданных с использованием инструмента разметки документов webanno, поиска вхождений заданных слов со сбором статистики попаданий этих слов под разметку. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для автоматизации запуска множества экспериментов и сбора их результатов при необходимости проверки множества гипотез в рамках одной задачи. Особенностью комплекса является ориентированность на запуск процессов на узлах вычислительного кластера с установленным менеджером управления ресурсами Slurm. Программа включает в себя: 1) запускающий скрипт, в котором пользователь указывает пути к конфигурационным файлам, сохранённым в формате HOCON, описывающим параметры экспериментов, параметры узлов, которые будут запрошены при регистрации процесса на кластере для каждого эксперимента, и другие опции; 2) три базовых скрипта эксперимента, в которых описаны последовательности действий, такие как подготовка данных, сборка/загрузка модели, обучение/тестирование, сохранение результатов, ведение лога: сбор модели и обучение, дообучение загружаемой модели, тестирование сохранённой модели. Скрипты работают с моделями, реализованными с использованием фреймворка tensorflow, а классы, описывающие модели должны реализовывать интерфейс в виде следующих функций: сборка модели по переданному конфиг файлу, запуск потока подачи примеров, получение оценок точности модели на тестировочном множестве, запуск итерации обучения; 3) скрипт сбора результатов экспериментов в единую таблицу. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа позволяет определить положение мобильного робота в рамках заданной карты по показаниям бортовых сенсоров. Программа позволяет работать со следующим набором сенсоров: одометрия, GNSS-навигация, IMU-модули, системы распознавания объектов-ориентиров. Программа реализована как узел фреймворка ROS и снабжена стандартными интерфейсами ввода-вывода данных через топики, взаимодействием с модулем tf, визуализацией rviz и средствами запуска через launch файлы. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК на базе процессора Intel Core i7-3770; ОС: Ubuntu 16.04, Robotic Operation System Kinetic\Melodic. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для сохранения логов вычислительных задач, запускаемых на вычислительном кластере. Особенность данных логов состоит в том, что они, обычно, удаляются по завершении выполнения задачи. Однако, часто администраторам кластера требуются эти логи для анализа и мониторинга. Программа позволяет их сохранить. В отличие от существующих сборщиков логов, в программе путь к логам может быть задан в виде регулярного выражения, программа корректно обрабатывает временные файлы и не требует значительного количества вычислительных ресурсов. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: CentOS. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа «check_dcache_pools» представляет собой сенсор для системы мониторинга Nagios и предназначена для проверки состояния элементов системы хранения dCache (т.н. пулов). Сенсор позволяет оперативно отслеживать возникновение на пулах нештатных ситуаций, повлекших за собой смену состояния пула и, как следствие, недоступность файлов, хранящихся на этом пуле. Сенсор поддерживает работу как с обычной системой dCache, так и с системой интегрированной с ленточной библиотекой. Тип ЭВМ: IBM compatible. ОС: CentOS 7. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для кластеризации генотипов диплоидных организмов (человека, растений, животных, грибов), полученных в ходе обработки данных высокопроизводительного секвенирования. Программа получает на вход два файла в виде таблиц — данные о генотипах изучаемых объектов и метаданные об объектах. Метаданные служат для визуальной дифференциации точек, отвечающих генотипам, при помощи цвета (второй столбец) и стиля точки (третий столбец). Python (версия 3.6 или новее)

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для обработки геномных данных, включая фильтрацию, сортировку и переименование последовательностей, маскирование повторов, структурную аннотацию, функциональную аннотацию и формирование выходных файлов. Программа предсатвляет собой графическую оболочку - дружественный пользователю графический интерфейс, что является важным преимуществом над инструментами командной строки. Программа получает входные файлы в следующих форматах: в формате FASTA — геномные последовательности. Дополнительно пользователь может предоставить гены и транскрипты в формате FASTA, файлы картирования прочтений в формате ВАМ. Тип ЭВМ: IBM PC - совмест. ПК; ОС: Linux Python (версия 3.6 или новее)

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для управления динамическим распределением ресурсов условно-конечного пула виртуальных машин облачной платформы OpenStack с обеспечением оптимального распределения по ним задач, поступающих в потоковом режиме. Основной задачей является динамическая оптимизация количества виртуальных машин (выделение из пула и возвращение в пул, управление жизненным циклом) с требуемой конфигурацией их ресурсов (количества вычислительных ядер, оперативной памяти, цены за определённое время работы). Оптимизация функционально зависит от параметров системы (размер фиксированного и дополнительного пула по квотам, коэффициенты планирования) и количества запущенных и ожидающих в очереди задач с учётом их требований к вычислительным ресурсам (количество вычислительных ядер, оперативной памяти, приоритет, ожидаемое время работы). Целью оптимизации является минимизация количества использования виртуальных машин за рамками фиксированного пула (и вообще) и/или общее время выполнения всех задач очереди (возможно включение других параметров с весовыми коэффициентами). В качестве функции можно использовать базовый алгоритм или модуль планирования ресурсов на основе генетических алгоритмов. Планирование осуществляется в заданном окне времени (сутки) и учитывает план выполнения имеющихся задач на каждой виртуальной машине. Python (версия 2.7), Bash (3.0 или выше)

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для подготовки табличных данных, полученных из PDF документов, к последующему анализу/обработке путём их структуризации и представления в формате JSON. Табличные данные извлекаются из документов с помощью программы PDFMiner и сохраняются в файл в формате XML, который содержит информацию о макете страницы, а также положении каждого символа на странице, его шрифте и размере. На основе этой информации для каждой страницы производится реконструкция таблиц: поиск надписей по координатам символов, распознавание строк-заголовков и строк с данными на основе координат надписей по оси ординат, проверка корректности распознавания таблицы по количеству надписей во всех найденных строках. В программном модуле учитывается ряд частных случаев, к примеру наличие комментариев внутри таблиц. После реконструкции всех таблиц они записываются в формат JSON в виде двумерных массивов. Python

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа представляет собой библиотеку распознавания голосовых команд, представленных в текстовом виде, а также соответствующий модуль ROS. Алгоритм основан на сравнении множеств Д-методом, что позволяет выбирать наиболее близкую команду из заранее заданного набора команд. Python

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)