Программы для ЭВМ

Программа обеспечивает исключение дублирования вносимой в систему «Проектная деятельность» информации о научных публикациях путем сравнительного анализа названия публикаций и их идентификации по DOI. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, Windows, MacOS. Java

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (demuxDDrad) для демультиплексации данных, полученных с помощью ddRAD секвенирования на приборе illumina NovaSeq 6000. Программа производит демультиплекасацию по внутренним индексным последовательностям (находящихся в начале самих нуклеотидных чтений). В качестве "входящих" файлов принимает нуклеотидные чтения, созданные при демультиплексации по внешним индексам с помощью стандартной утилиты от illumina - bcl2fastq, и таблицы с названиями образцов и последовательностями внутренних индексов. Для каждого образца требуется две индексные последовательности. Для определения индексных последовательностей необходима информация о протоколе приготовления ddRAD библиотек. В качестве базового протокола используется протокол, опубликованный в статье Franchini (PMID: 28247584). Этот протокол подразумевает, что перед индексной последовательностью находится последовательность из четырех случайных нуклеотидов, которая удаляется, в процессе работы скрипта, перед демультиплексацией. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа позволяет пользователю сравнивать файлы аннотации соматических мутаций, полученных с помощью различных аннотаторов. На вход подается файл с аннотацией, как правило полученного от исследуемого пациента, а также может использоваться файл с аннотацией в качестве контроля. Фильтрация данных возможна как по списку генов, например связанных с онкологическими заболеваниями, так и по одиночному гену. Также возможна фильтрация мутаций по их типу, может применяться к естественным несинонимичным полиморфизмам и лабораторно-индуцированным миссенс-мутациям. На выходе остается файл с аннотаций соматических мутаций, которые представляют наибольшую клиническую значимость. Данная программа может быть полезна исследователям и врачам для анализа соматических мутаций. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и выше

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа принимает данные геномного секвенирования и базу мобильных элементов для данного вида организмов. Также необходимо наличие референсного генома, соответствующего изучаемому организму. Данные секвенирования должны быть в виде парно-концевых чтений на приборе illumina. В качестве результатов работы программа выдает таблицу, в которой строками являются локусы встраивания ME в геном, в виде геномных координат, а столбцами являются Illumina библиотеки, поданные на вход программе. В каждой ячейке выходной таблицы указывается количество парных нуклеотидных чтений, подтверждающих конкретное встраивание. Анализ основан на раздельном картировании каждого тага парных чтений на геном исследуемого организма и базу данных ME. Результаты могут быть использованы как для изучения "подвижности" мобильных элементов, так и для изучения генетических отношений между исследуемыми образцами на основе данных о мобильных элементах. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и выше

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (ParserGB) для получения genbank файлов из базы данных NCBI, с возможностью парсинга полей метаданных и представления их в табличном виде. Genbank файл представляет собой текстовый файл, содержащий как правило нуклеотидную или аминокислотную последовательность, ее аннотацию и метаинформацию об авторах и изучаемом объекте. На вход программе подается один или несколько идентификаторов последовательностей в базе данных GenBank NCBI. На выходе пользователь получает табличный файл, содержащий идентификаторы последовательностей и их метаданные, например: список авторов, название изучаемого организма, место сбора, координаты сбора и другие характеристики, которые указаны в genbank файле. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчёта центробежного компрессора, служащего для прокачивания диоксида углерода. Конструкция компрессора одновальная, включающая несколько последовательных ступеней с рабочими колёсами одинакового диаметра с разной шириной проточной части, с небольшой степенью сжатия в каждой ступени. Для заданных исходных данных программа подбирает параметры компрессора, максимальный изоэнтропийный к.п.д. ступени. В расчёте учитывается отклонение действительного процесса в каждой ступени от изоэнтропийного. Функциональные возможности: определение диаметра рабочего колеса компрессора, углов установки лопатки на входе и выходе из колеса, ширины колёс, числа оборотов ротора, мощности компрессора. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Windows. С++

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (CircValid) для поиска, аннотации и визуализации кольцевых РНК, используя данные наиболее популярных биоинформатических предсказателей регуляторных молекул. С помощью программы пользователи могут конструировать ДНК-праймеры для валидации кольцевых РНК в транскриптоме при помощи полимеразной цепной реакции и определять специфичность ДНК-праймеров. Программа - это удобный набор инструментов, автоматизированный при помощи docker, используемый для изучения кольцевых РНК и не требующий специальных навыков пользователя. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программный комплекс (ПК) BARSTR предназначен для трехмерного нейтронно-физического моделирования стационарных состояний и динамики водо-водяных реакторов транспортного назначения. В состав ПК BARSTR входят коды BARS и UNK. Код BARS выполняет трехмерный нейтронно-физический расчет реактора, а код UNK рассчитывает нейтронно-физическую базу данных для кода BARS. ПК позволяет рассчитывать стационарные состояния реактора на любом допустимом уровне мощности, а также моделировать кампанию реактора, ксеноновый переходной процесс и быстрые штатные и аварийные переходные процессы на мгновенных и запаздывающих нейтронах. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC; ОС: DOS, WINDOWS. Fortran

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для автоматического заполнения онлайн таблицы (Google Sheets) результатами обработки данных рентгенограмм. Программа позволяет: сводить количественную информацию о предварительно обработанных данных, получаемых в ходе эксперимента, без активного участия пользователя; оценить качество данных для определения последующей стратегии в обработке данных. Входными параметрами данного программного обеспечения являются: имя Google Sheets, путь к результатам программы Cheetah и файл с прописанным соответствием об имени колонки в онлайн таблице и колонки в Cheetah crawler. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS, Windows. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для отображения статистических характеристик обработанных данных рентгенограмм для последующей оценки качества обработанных данных. Данный инструмент позволяет проводить сканирование входных данных, масштабирование и попарное соотношение статистических характеристик, относящихся к одному объекту исследования. Программа позволяет производить сравнительный анализ путем отображения статистических кривых для многих образцов путём построения их в одной области с одинаковым масштабом. Необходимость данного инструмента позволяет ускорить принятие решения о последующей обработке данных, а именно - восстановление структуры белков. Программа также позволяет производить оценку чистоты данных и после этапов компрессии данных. Программа получает входные файлы в следующих форматах: любой файл со статистической характеристикой, являюшийся выходным для partilator, CrystFEL. Выходным файлом данной программы является графическая визуализация статистических характеристик в формате и с названием, указанным пользователем. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Windows, Linux, macOS. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)