Программы для ЭВМ

Программа предназначена для реконструкции геномов на основании метагеномных данных — метагеномного биннинга. В качестве входных файлов программа использует данные секвенирования и метагеномную сборку. Программа фрагментирует метагеном, определяет глубину покрытия и распределение частот к-меров (фрагментов ДНК произвольной длины), затем проводит нормализацию данных, уменьшение размерности данных, кластеризацию. Готовые метагеномные бины доступны пользователю в формате FASTA, промежуточные данные экспортируются в в виде текстовых таблиц, что позволяет продолжить работу с данными с любого этапа. Визуализация результата кластеризации данных доступна пользователю в растровом и векторном форматах. Программа позволяет использовать преимущества многопоточности на всех этапах работы. ОС: Linux, macOS. Python

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для кластеризации генотипов диплоидных организмов (человека, растений, животных, грибов), полученных в ходе обработки данных высокопроизводительного секвенирования. Программа получает на вход два файла в виде таблиц — данные о генотипах изучаемых объектов и метаданные об объектах. Метаданные служат для визуальной дифференциации точек, отвечающих генотипам, при помощи цвета (второй столбец) и стиля точки (третий столбец). Python (версия 3.6 или новее)

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчета коэффициентов аппроксимации переходной функции от тока к энерговыделению в местах размещения ДПЗ топливных кассет реакторов типа ВВЭР. Программа применяется в атомной энергетике. FORTRAN

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для построения трехмерного спектра флуоресценции и тепловой карты, используя в качестве основы матрицу возбуждения-излучения. Сама матрица строится при обработке массива данных полученных методом флуоресцентной спектроскопии с мультимодального ридера планшетного формата. VBA

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программный комплекс предназначен для расчета коэффициента переизлучения между различными группами твэлов, расчета тепловых излучательных потоков между группами тепловыделяющих сборок, а так же между топливом и стенками бассейна выдержки.

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Данный модуль реализует виртуальный детектор для получения изображений дифференциального фазового контраста. Большое количество данных в 4D-ITP3M сериях дифракционных картин позволяет получить информацию не только об амплитуде, но и о фазе. Программный модуль определяет разности вкладов электронного пучка по перпендикулярным направлениям, строит векторную карту по полученным данным и формирует изображение фазового контраста. Кроме того, реализована асинхронная обработка данных 4Б-ПРЭМ серий, что существенно улучшает производительность метода. Также модуль позволяет использовать произвольную кольцевую топологию дифференциального детектора (в отличие от физических детекторов), что позволяет подбирать оптимальные параметры формирования изображений для конкретных материалов. С++

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Данный программный модуль выполняет задачу деконволюции ПРЭМ изображений с электронной пробой, что позволяет устранить искажения, вносимые электронным пучком. В модуле реализован ряд алгоритмов конволюции и деконволюции изображений, в частности, реализован итеративный алгоритм деконволюции Ричардсона-Люси. Последний, несмотря на вычислительную сложность, позволяет избежать эффекта амплификации шума. Дополнительно был реализован интуитивно понятный интерфейс для проведения операций конволюции/деконволюции. Также в интерфейс был интегрирован модуль симуляции формы электронного пучка, позволяющий легко устанавливать параметры симуляции и использовать сгенерированный пучок для деконволюции изображения. С++17+ Qt6, OpenMP, OpenCL 1.2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Модуль предоставляет функционал для определения коэффициентов аберраций электронной пробы (а именно астигматизма второй степени и комы третьей степени) по фокусной серии изображений. Для определения аберраций необходимо снять серию микрофотографий с различной фокусировкой, затем модуль анализирует фокусную серию и определяет параметры аберраций, при которых наблюдается наилучшее соответствие между изображениями полученной фокусной серии. В дальнейшем по полученным данным можно провести симуляцию формы электронного пучка и выполнить деконволюцию для устранения влияния пробы на изображения. Модуль также содержит пользовательский интерфейс, позволяющий загружать и управлять сериями изображений, инициировать поиск аберраций и следить за процессом определения аберраций в режиме реального времени по графику. С++17

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для эффективного решения т.н. Основного кинетического уравнения (Master equation), представляющего собой систему дифференциальных уравнений, каждое из которых описывает эволюцию концентрации кластеров точечных дефектов (ТД) определенного размера. Программа позволяет проводить корректный расчёт накопления вакансий и собственных междоузельных атомов в кластерах, путем существенного (на три-четыре порядка) сокращения числа решаемых уравнений. С++

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

В программе моделируются физические процессы в мощном импульсном абляционном электрическом ракетном двигателе (ЭРД) рельсового типа. Рассчитываются временные зависимости распределения скорости и концентрации абляционной плазмы (рабочего тела), тока в источнике питания, а также магнитного поля в плазме и электродах. Модель позволяет получать адекватное понимание данных эксперимента и может использоваться для планирования экспериментов и оптимизации эффективности преобразования энергии источника питания в кинетическую энергию движения рабочего тела. Fortran F90

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)