Программы для ЭВМ

Программное обеспечение предназначено для получения характеристик нуклеотидных геномных последовательностей. Программа получает входные файлы в формате FASTA — наиболее распространённом для геномных данных, поддерживаются форматы сжатия данных gzip и bzip2. Выходные данные содержат имя файла, суммарное процентное содержание гуанидина и цитозина в последовательностях, количество последовательностей, метрики N50, L50, N90, L90, количество неустановленных нуклеотидов. Выходные данные могут быть представлены в одном из трёх форматов на выбор: человеко-читаемый, табличный, JSON. Выходные данные могут быть записаны в базу данных формата SQLite для удобного хранения и управления собранными данными. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC; ОС: Linux, macOS. Python 3.6 и выше

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для определения расстояний между геномными последовательностями на основании полногеномного нуклеотидного выравнивания, приближённых методов оценки идентичности геномных последовательностей и выравнивания аминокислотных последовательностей предсказанных белок-кодирующих генов. На основании установленных расстояний проводится иерархическая кластеризация последовательностей и создаётся визуализация в виде дендрограммы и тепловой карты. Визуализации сохраняются в векторном и растровом формате. Кроме того, на основании геномных расстояний строится филогенетическое дерево методами UPGMA и NJ. Выделение кластеров геномных последовательностей проводится по указанному пользователем порогу. Программа имеет широкие перспективы в анализе геномов прокариот и эукариотических микроорганизмов. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC. ОС: Linux, macOS. Python 3.6 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для кластеризации генотипов диплоидных организмов (человека, растений, животных, грибов), полученных в ходе обработки данных высокопроизводительного секвенирования. Программа получает на вход два файла в виде таблиц — данные о генотипах изучаемых объектов и метаданные об объектах. Метаданные служат для визуальной дифференциации точек, отвечающих генотипам, при помощи цвета (второй столбец) и стиля точки (третий столбец). Python (версия 3.6 или новее)

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для динамического представления поведения параметров реакторной установки ВВЭР по архивным файлам аппаратно-программного измерительного комплекса (АНИК). Архивные файлы АНИК традиционно формируются в ходе выполнения пусковых физических испытаний, и содержат измеренные данные, зафиксированные в ходе процесса штатными и дополнительными системами измерения, контроля и управления. Работа программного обеспечения проходит в три этапа: считывание данных из выбранного архивного файла АНИК; подбор масштаба для представления определенных параметров; просмотр данных в виде изменяющихся во времени графиков, с возможностями интерактивного управления процессом. Необходимость разработки обусловлена потребностью просмотра архивных файлов в динамическом режиме в ходе анализа данных физических испытаний, в ходе представления данных, а также в процессе преподавания.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

Программное обеспечение предназначено для восстановления пространственного распределения радиоактивных источников по результатам сканирования пространства в различных направлениях проведенных сцинтилляционным детектором и антиколлиматором. Программное обеспечение позволяет вычислить распределение источников ионизирующих излучений в виде гамма-изображения с высоким пространственным разрешением. В расчетах используется аппаратная функция антиколлиматора. Область применения - радиационные обследования и радиационно-опасные работы. Обработка данных сканирования проводится с целью определения характера радиационной обстановки на объекте обследования и контроля безопасности выполняемых работ. Visual Fortran

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа, где термодинамические свойства воды и водяного пара, на основе входных параметров, интерполируют значения в бинарные таблицы. Значения свойств рассчитываются по формулам IAPWS 1997 года. Java

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа – система формализации и анализа структурных схем категории интеллект-карт, представляющих собой визуальное представление множества сущностей и семантических связей между онтологии, семиотические структуры, системы управления. Система транслирует описание интеллект-карт, выполненных в формате .drawio в эквивалентные сущностные описания в формат xml, а также формирует программные коды на языках Python и Prolog для последующего анализа полученного формального представления и формирования таких компонентов системы управления искусственным агентом (роботом), как рефлекторный (эмоционально-потребностный) уровень, модель мира и система оценки корректности поведения. Сферы применения: автоматизация создания систем управления интеллектуальных агентов, инженерия знаний (создание и анализ онтологий и когнитивных карт).

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

Программа является программным модулем для преобразования данных энцефалограммы головного мозга и последующего обучения на этих данных классификатора в интерфейсе глаз-мозг-компьютер. Классификатор представляет собой искусственную нейронную сеть, состоящую из сверточных слоев и слоев долгой краткосрочной памяти. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа является пайплайном на фреймворке Nextflow и предназначена для автоматизации таксономического анализа данных метагеномного секвенирования, включая в себя оценку качества, триммирование, фильтрацию и классификацию последовательностей, а также сборку геномов, биннинг, очистку и классификацию полученных при сборке контигов. Его использование сокращает время исследования, делает его воспроизводимым и прозрачным. Программа рассчитана на использование научными сотрудниками, занимающимися анализом микробных сообществ. ОС: Linux, BSD, MacOS и т.д.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

Программа является одним из модулей, входящих в разрабатываемый комплекс дифракционного картирования, применяемый для решения задач просвечивающей электронной микроскопии. Программа предназначена для детектирования и численного описания дифракционных пиков на двумерных картинах электронной дифракции. Процесс происходит в несколько этапов: на первом этапе выполняется непосредственный поиск пиков, определяется их положение и интенсивность. Затем производится оптимизация количества пиков - наименее интенсивные пики удаляются из рассмотрения. На следующем этапе координаты пиков переводятся в полярные координаты. Для этого из всех оставшихся дифракционных пиков выбирается центральный пик: в ручном режиме - пик указывается пользователем, в автоматическом режиме - по интенсивности. После перевода в полярные координаты интенсивность дифракционных пиков нормализуется. Таким образом, результатом численного описания дифракционной картины является набор пиков в полярных координатах с нормализированной интенсивностью. Такой набор данных является оптимальным для дальнейшей расшифровки дифракционной картины. Кроме того, программа может использоваться не только в электронной микроскопии, но и в смежных областях, например, для описания 2D-картин рентгеновской дифракции. C++ Qt, OpenCL

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)