Программы для ЭВМ

Программа (ParserGB) для получения genbank файлов из базы данных NCBI, с возможностью парсинга полей метаданных и представления их в табличном виде. Genbank файл представляет собой текстовый файл, содержащий как правило нуклеотидную или аминокислотную последовательность, ее аннотацию и метаинформацию об авторах и изучаемом объекте. На вход программе подается один или несколько идентификаторов последовательностей в базе данных GenBank NCBI. На выходе пользователь получает табличный файл, содержащий идентификаторы последовательностей и их метаданные, например: список авторов, название изучаемого организма, место сбора, координаты сбора и другие характеристики, которые указаны в genbank файле. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (demuxDDrad) для демультиплексации данных, полученных с помощью ddRAD секвенирования на приборе illumina NovaSeq 6000. Программа производит демультиплекасацию по внутренним индексным последовательностям (находящихся в начале самих нуклеотидных чтений). В качестве "входящих" файлов принимает нуклеотидные чтения, созданные при демультиплексации по внешним индексам с помощью стандартной утилиты от illumina - bcl2fastq, и таблицы с названиями образцов и последовательностями внутренних индексов. Для каждого образца требуется две индексные последовательности. Для определения индексных последовательностей необходима информация о протоколе приготовления ddRAD библиотек. В качестве базового протокола используется протокол, опубликованный в статье Franchini (PMID: 28247584). Этот протокол подразумевает, что перед индексной последовательностью находится последовательность из четырех случайных нуклеотидов, которая удаляется, в процессе работы скрипта, перед демультиплексацией. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа позволяет пользователю сравнивать файлы аннотации соматических мутаций, полученных с помощью различных аннотаторов. На вход подается файл с аннотацией, как правило полученного от исследуемого пациента, а также может использоваться файл с аннотацией в качестве контроля. Фильтрация данных возможна как по списку генов, например связанных с онкологическими заболеваниями, так и по одиночному гену. Также возможна фильтрация мутаций по их типу, может применяться к естественным несинонимичным полиморфизмам и лабораторно-индуцированным миссенс-мутациям. На выходе остается файл с аннотаций соматических мутаций, которые представляют наибольшую клиническую значимость. Данная программа может быть полезна исследователям и врачам для анализа соматических мутаций. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и выше

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа принимает данные геномного секвенирования и базу мобильных элементов для данного вида организмов. Также необходимо наличие референсного генома, соответствующего изучаемому организму. Данные секвенирования должны быть в виде парно-концевых чтений на приборе illumina. В качестве результатов работы программа выдает таблицу, в которой строками являются локусы встраивания ME в геном, в виде геномных координат, а столбцами являются Illumina библиотеки, поданные на вход программе. В каждой ячейке выходной таблицы указывается количество парных нуклеотидных чтений, подтверждающих конкретное встраивание. Анализ основан на раздельном картировании каждого тага парных чтений на геном исследуемого организма и базу данных ME. Результаты могут быть использованы как для изучения "подвижности" мобильных элементов, так и для изучения генетических отношений между исследуемыми образцами на основе данных о мобильных элементах. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и выше

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для отображения статистических характеристик обработанных данных рентгенограмм для последующей оценки качества обработанных данных. Данный инструмент позволяет проводить сканирование входных данных, масштабирование и попарное соотношение статистических характеристик, относящихся к одному объекту исследования. Программа позволяет производить сравнительный анализ путем отображения статистических кривых для многих образцов путём построения их в одной области с одинаковым масштабом. Необходимость данного инструмента позволяет ускорить принятие решения о последующей обработке данных, а именно - восстановление структуры белков. Программа также позволяет производить оценку чистоты данных и после этапов компрессии данных. Программа получает входные файлы в следующих форматах: любой файл со статистической характеристикой, являюшийся выходным для partilator, CrystFEL. Выходным файлом данной программы является графическая визуализация статистических характеристик в формате и с названием, указанным пользователем. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Windows, Linux, macOS. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для проверки полноты обработанных данных рентгенограмм с помощью внешнего программного пакета CrystFEL. Основная задача программы состоит в выявлении списков данных, которые не были обработаны полностью, и при наличии определенного подаваемого на вход программе параметра производится запуск скрипта, соответствующего недообработанному списку данных. При обработке данных на кластере возможны перебои работы самого кластера и/или потеря части пула задач, что приводит к полной или частичной не дообработки данных. Таким образом, программа позволит перезапустить задачи на повторную обработку данных. Входными данными являются: путь к результатам обработки данных пакетом CrystFEL, а также возможные параметры в виде файла со списком блоков данных интереса и флага, который позволяет программному обеспечению работать в двух режимах - чистая оценка полноты обработки данных или тоже самое с возможностью перезапуска необработанных списков данных. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS, Windows. Python 3.6

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для моделирования развития фазовой неустойчивости, возникающей в системе обратной связи для стабилизации тиринг-моды в установке типа токамак. Развитие этой неустойчивости приводит к нарушению процесса стабилизации тиринг-моды и к ее дестабилизации. Программный код основан на вязкостно-резистивной модели тиринг-моды в плазме токамака. С99

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчета нестационарного температурного поля в многосвязном осесимметричном гетерогенном теле с охлаждаемым (нагреваемым) потоком газа внутри, на границе ставятся условия 1-го и 3-го рода. Возможная область применения: реперные расчеты динамических температурных полей в топливных сборках неоднородной структуры, получение исходных данных для задач массопереноса в вакуумных каналах. VBA

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для моделирования нелинейной обратной связи для стабилизации неустойчивости тиринг-моды в установке типа токамак. Развитие этой неустойчивости приводит к возникновению в плазме так называемых магнитных островов. В программе используются результаты расчетов в отдельном комплексе программ статической задачи для тиринг-моды, определяющей радиальные распределения значений винтовой функции магнитного потока тиринг-моды в плазме токамака в цилиндрическом приближении и зависимость индекса устойчивости тиринг-моды от ее амплитуды, а также радиальных распределений скоростей вращения плазмы в тороидальном и полоидальном направлениях. С99

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для обработки геномных данных, включая фильтрацию, сортировку и переименование последовательностей, маскирование повторов, структурную аннотацию, функциональную аннотацию и формирование выходных файлов. Программа предсатвляет собой графическую оболочку - дружественный пользователю графический интерфейс, что является важным преимуществом над инструментами командной строки. Программа получает входные файлы в следующих форматах: в формате FASTA — геномные последовательности. Дополнительно пользователь может предоставить гены и транскрипты в формате FASTA, файлы картирования прочтений в формате ВАМ. Тип ЭВМ: IBM PC - совмест. ПК; ОС: Linux Python (версия 3.6 или новее)

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)