Программы для ЭВМ

Программа предназначена для анализа биогеографической информации содержащейся в базах данных генетической информации, позволит провести анализ всего Цианобактериального разнообразия Антарктиды. Данная программа может быть использована для анализа географического распределения не только генов 16S рРНК, но и других генов, в том числе функциональных. тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК. ОС: Linux. Python 3.6 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программный модуль обеспечивает пользователям модуля «Нейровизуализация» ИАП «Цифровая Лаборатория» возможность удалённого онлайн-использования специализированного визуального редактора Brain Browser для построения интерактивной 3D-модели головного мозга человека на основе результатов обработки экспериментальных фМРТ данных испытуемого с использованием специализированного ПО «FreeSurfer». Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux/Windows/MacOS. Java, JavaScript

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа моделирует обучение спайковой нейронной сети под действием синаптической пластичности Spike-Timing-Dependent Plasticity (STDP). Для решения задачи классификации рукописных цифр из набора данных Optdigits или ММ ST. Сеть состоит из двух слоев нейронов, возбуждающего и тормозящего: каждый возбуждающий нейрон связан непластичными связями с одним тормозящим, а каждый тормозящий - со всеми возбуждающими нейронами, который возбуждает его самого. Пластичностью STDP обладают входные связи возбуждающих нейронов. Реализована возможность подавать на каждый нейрон своё подмножество компонентов входного вектора. Результат классификации: каждому возбуждающему нейрону сети ставится в соответствие класс, на который нейрон был наиболее активен во время подачи тренировочной выборки, и затем при подаче тестировочной выборки нейрон количеством своих спайков голосует за свой класс; нейрон голосует своими спайками за все классы одновременно, но с различными весами. Может проводиться перенормировка пластичных весов перед подачей на сеть каждого входного примера, чтобы сумма весов входных синапсов нейрона оставалась неизменной. Тип ЭВМ: IBM PC-совместю ПК; ОС: удовлетворяющая стандарту POSIX. Python, Bash

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для обработки полученных результатов краудсорсинговой разметки текстовых данных, а также агрегирования полученных меток для решения задач эмотивно-тонального анализа. Особенностью программы является реализация алгоритма агрегирования как для одноуровневой разметки (тональная разметка: нейтральный, позитивный, негативный), так и для двухуровневой разметки (эмотивная разметка: уровень - есть или нет эмоции; уровень - радость, страх, удивление, грусть, злость). Итоговая метка для текста выбиралась на основе агрегации проставленных аннотаторами меток методом голосования большинства. Итоговые метки получают только те тексты, которые размечены не менее 3 различными аннотаторами. Программа реализует следующий функционал: процедуру проверки размеченных текстов; процедуру подготовки размеченных текстов; процедуру агрегации размеченных текстов; процедуру расчета статистики размеченного набора данных. Входными данными для программы является таблица с результатами краудсорсинговой разметки текстов. Выходными данными является размеченный набор текстов с итоговыми аггрегированными метками и метрические данные о созданном наборе. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Python 3.5

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для обработки исходных данных, сборки, проверки качества и аннотации геномов бактерий и архей. В качестве исходных данных могут быть использованы одиночные или парные прочтения высокопроизводительного секвенирования, прочтения одномолекулярного секвенирования или их комбинация. Алгоритм включает обрезку прочтений по качеству, слияние перекрывающихся парных прочтений, сборку генома, поиск и удаление последовательности внутреннего контроля секвенирования по технологии Illumina - phiXl 74, оценку качества сборки по наличию маркерных однокопийных генов, структурную и функциональную аннотацию и генерацию файлов в общепринятых биоинформатических форматах. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS. Python 3.6 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программный модуль обеспечивает формирование отчетов по ключевым показателям для последующей визуализации в веб-интерфейсе платформы «Цифровая лаборатория». Отчеты включают временные ряды по публикациям, проектам и другим показателям, а также линейные графики для каждого года для прямого сравнения. Тип ЭВМ:IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux\Windows\MacOS. Java

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для подготовки данных интернет-текстов с целью их последующей разметки средствами краудсорсинга для настройки инструментов решения задач эмотивно-тонального анализа. В алгоритме реализован механизм отбора предложений из текстов различных интернет-источников и их представление в формате краудсорсинговой платформы для дальнейшей разметки. Функциональные возможности: предварительный отбор эмотивных предложений, реализованный на базе словарей эмотивно-тональной лексики; разбиение входного текста на слова и предложения; выделение именованных сущностей из текста; расчёт коэффициента сходства двух предложений; отбор эмотивных предложений с использованием словарей эмотивно-тональной лексики из различных источников; сохранение подготовленных данных. Входными данными для программы являются: текст документов из рассматриваемых источников; словари эмотивно-тональной лексики. Результатом работы программы являются подготовленные наборы предложений для последующей разметки на эмотивно-тональные классы. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Python

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа вычисляет величины изменения синаптических весов нейрона под действием Spike-Timing-Dependent Plasticity (STDP)-подобной пластичности, вид которой соответствует аппроксимации экспериментальных измерений проводимостей мемристоров: изменение проводимости зависит от текущего её значения и от разности моментов пре- и пост-спайков; и данная зависимость имеет вид экспоненты, сдвинутой на константу. Константы данной зависимости различаются между синапсами одного нейрона на заданную случайную величину для имитации неоднородности характеристик мемристоров. Нейрон моделируется пороговым элементом, сравнивающим свой входящий ток с заданным значением; входящие токовые импульсы имеют зигзагообразную форму, часто используемую в экспериментах над мемристорами. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: удовлетворяющая стандарту POSIX. Python 3.6, bash

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для определения расстояний между геномными последовательностями на основании полногеномного нуклеотидного выравнивания, приближённых методов оценки идентичности геномных последовательностей и выравнивания аминокислотных последовательностей предсказанных белок-кодирующих генов. На основании установленных расстояний проводится иерархическая кластеризация последовательностей и создаётся визуализация в виде дендрограммы и тепловой карты. Визуализации сохраняются в векторном и растровом формате. Кроме того, на основании геномных расстояний строится филогенетическое дерево методами UPGMA и NJ. Выделение кластеров геномных последовательностей проводится по указанному пользователем порогу. Программа имеет широкие перспективы в анализе геномов прокариот и эукариотических микроорганизмов. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC. ОС: Linux, macOS. Python 3.6 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчёта фоновой теплопроводности материалов с круглым сечением и гексагональной кристаллической решеткой с учётом эффекта фононной фокусировки в режиме граничного рассеяния. Из упругих постоянных и плотности материала вычисляются фазовые и групповые скорости фононных мод. Из них вычисляются теплоемкость и температура Дебая, после чего с учетом геометрии образца определяется величина теплопроводности и вклад в нее различных мод. Тип ЭВМ: IBM РС-совмест. ПК; ОС: Windows ХР и выше. MATLAB

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)