Программы для ЭВМ

Программа предназначена для обработки исходных данных, сборки, проверки качества и аннотации геномов бактерий и архей. В качестве исходных данных могут быть использованы одиночные или парные прочтения высокопроизводительного секвенирования, прочтения одномолекулярного секвенирования или их комбинация. Алгоритм включает обрезку прочтений по качеству, слияние перекрывающихся парных прочтений, сборку генома, поиск и удаление последовательности внутреннего контроля секвенирования по технологии Illumina - phiXl 74, оценку качества сборки по наличию маркерных однокопийных генов, структурную и функциональную аннотацию и генерацию файлов в общепринятых биоинформатических форматах. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS. Python 3.6 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программный модуль обеспечивает формирование отчетов по ключевым показателям для последующей визуализации в веб-интерфейсе платформы «Цифровая лаборатория». Отчеты включают временные ряды по публикациям, проектам и другим показателям, а также линейные графики для каждого года для прямого сравнения. Тип ЭВМ:IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux\Windows\MacOS. Java

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для подготовки данных интернет-текстов с целью их последующей разметки средствами краудсорсинга для настройки инструментов решения задач эмотивно-тонального анализа. В алгоритме реализован механизм отбора предложений из текстов различных интернет-источников и их представление в формате краудсорсинговой платформы для дальнейшей разметки. Функциональные возможности: предварительный отбор эмотивных предложений, реализованный на базе словарей эмотивно-тональной лексики; разбиение входного текста на слова и предложения; выделение именованных сущностей из текста; расчёт коэффициента сходства двух предложений; отбор эмотивных предложений с использованием словарей эмотивно-тональной лексики из различных источников; сохранение подготовленных данных. Входными данными для программы являются: текст документов из рассматриваемых источников; словари эмотивно-тональной лексики. Результатом работы программы являются подготовленные наборы предложений для последующей разметки на эмотивно-тональные классы. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Python

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа вычисляет величины изменения синаптических весов нейрона под действием Spike-Timing-Dependent Plasticity (STDP)-подобной пластичности, вид которой соответствует аппроксимации экспериментальных измерений проводимостей мемристоров: изменение проводимости зависит от текущего её значения и от разности моментов пре- и пост-спайков; и данная зависимость имеет вид экспоненты, сдвинутой на константу. Константы данной зависимости различаются между синапсами одного нейрона на заданную случайную величину для имитации неоднородности характеристик мемристоров. Нейрон моделируется пороговым элементом, сравнивающим свой входящий ток с заданным значением; входящие токовые импульсы имеют зигзагообразную форму, часто используемую в экспериментах над мемристорами. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: удовлетворяющая стандарту POSIX. Python 3.6, bash

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программное обеспечение предназначено для определения расстояний между геномными последовательностями на основании полногеномного нуклеотидного выравнивания, приближённых методов оценки идентичности геномных последовательностей и выравнивания аминокислотных последовательностей предсказанных белок-кодирующих генов. На основании установленных расстояний проводится иерархическая кластеризация последовательностей и создаётся визуализация в виде дендрограммы и тепловой карты. Визуализации сохраняются в векторном и растровом формате. Кроме того, на основании геномных расстояний строится филогенетическое дерево методами UPGMA и NJ. Выделение кластеров геномных последовательностей проводится по указанному пользователем порогу. Программа имеет широкие перспективы в анализе геномов прокариот и эукариотических микроорганизмов. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC. ОС: Linux, macOS. Python 3.6 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчёта фоновой теплопроводности материалов с круглым сечением и гексагональной кристаллической решеткой с учётом эффекта фононной фокусировки в режиме граничного рассеяния. Из упругих постоянных и плотности материала вычисляются фазовые и групповые скорости фононных мод. Из них вычисляются теплоемкость и температура Дебая, после чего с учетом геометрии образца определяется величина теплопроводности и вклад в нее различных мод. Тип ЭВМ: IBM РС-совмест. ПК; ОС: Windows ХР и выше. MATLAB

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчета движения заряженных частиц и плазмы в электрических и магнитных полях, создаваемых как внешними элементами каналов формирования, транспортировки и фокусировки заряженных частиц, так и собственными зарядами и токами. Программа позволяет рассчитывать разнообразные характеристики пучков ионов и электронов, экстрагируемых из плазмы, определять их траектории в ходе дальнейшего ускорения и фокусировки, а также исследовать поведение потоков частиц и плазмы в разного рода анализирующих устройствах, например таких, как электростатические и магнитные масс-спектрометры.

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для проведения экспрессного филогенетического анализа геномных последовательностей. Программа объединяет этапы предсказания последовательностей белок кодирующих генов прокариотических организмов, поиск генов при помощи парного выравнивания последовательностей или скрытых марковских моделей изучаемых генов, множественное выравнивание, редактирование выравнивания и реконструкцию филогенетического дерева. Работа программы требует минимального участия пользователя. Результат работы программы может быть использован для проверки таксономии изучаемого организма или группы организмов, изучения происхождения организмов, анализа эволюции гена или кластера генов. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS. Bash 4.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для моделирования стенда электромагнитного калориметра многоцелевого детектора MPD / NICA. Область применения - физика высоких энергий. Стенд состоит из трех модулей, каждый из которых представляет собой сборку из 16-ти раздельных ячеек, представляющих собой слоистую структуру свинец-сцинтиллятор. Программа является вспомогательным инструментом при калибровочных измерениях, проводимых на пучке электронов на ускорительном комплексе ФИАН С-25Р «Пахра», и позволяет рассчитать реальные физические величины и спектры проводимых измерений. Для исследования формы моделируемого энергетического спектра на атмосферных мюонах, которые используются в эксперименте для калибровки каждой ячейки, был разработан алгоритм генерации частиц в широком диапазоне энергий. Тип ЭВМ: IBM PC - совмест. ПК; ОС: Linux. С++

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для расчета водородного показателя раствора аварийного приямка на атомных электростанциях с реактором типа ВВЭР в зависимости от температуры по методу матричной экспоненты, то есть на основании кинетического механизма, описывающего диссоциацию компонентов раствора. Расчетные результаты показывают высокую точность воспроизведения значений рН для различных растворов борной кислоты, калия и аммиака в широком диапазоне концентраций компонентов в температурном диапазоне от 25 до 300 °С, то есть шире, чем реальная область применения программы. Метод матричной экспоненты, использованный для численного решения системы дифференциальных уравнений химической кинетики, обладает гибкими настройками и позволяет получать устойчивый результат за разумное время. Расширение возможностей алгоритма за счет включения процедур расчета для различных сценариев протекания аварии с течью теплоносителя и работы оборудования при аварии представляется перспективным направлением развития программы. Такой реалистичный подход к оценке водородного показателя раствора в приямке в будущем позволит адекватно оценивать выход радиоактивного йода в окружающую среду, что является одной из важнейших задач радиационной безопасности АЭС. Fortran 90

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)