Изобретение относится к области биохимии. Предложен способ получения наночастиц элементного аморфного селена. Способ включает внесение селенита натрия в культуру фототрофных бактерий Rhodobacter capsulatus В10 из расчета 5 мМ/л, инкубирование культуры с селенитом, отделение селена от культуральной среды и бактерий. Полученный осадок селена разбавляют лизирующим составом, инкубируют и центрифугируют. Полученный осадок дополнительно центрифугируют в градиенте водного раствора сахарозы. Градиент сформирован из последовательных слоев 80%, 60% и 40% водных растворов сахарозы. Изобретение обеспечивает ускорение способа получения однородного по размеру (280±45нм) аморфного красного селена, при более полной мягкой очистки полученных частиц от клеток бактерий и клеточных фрагментов без нарушения аллотропной модификации селена. Способ получения наночастиц элементного аморфного селена, содержащий подготовку инокулята фототрофных бактерий, внесение селенита натрия в культуру фототрофных бактерий, отделение селена от культуральной среды и бактерий первичным центрифугированием, разбавлением осадка и последующим многостадийным центрифугированием, промывку наночастиц селена деионизированной водой, отличающийся тем, что используют фототрофные бактерии Rhodobacter capsulatus В10, селенит натрия вносят в культуру фототрофных бактерий из расчета 5 мМ/л, культуру инкубируют с селенитом в течение 24 часов в анаэробных условиях при 2000 люкс и температуре 20-25°С с последующим первичным центрифугированием, где полученный осадок разбавляют лизирующим составом и инкубируют 12-48 часов в темноте с последующим центрифугированием, где полученный осадок дополнительно центрифугируют в градиенте водного раствора сахарозы, сформированного из последовательных слоев 80%, 60%, и 40% водных растворов сахарозы, причем после промывки наночастиц селена деионизированной водой осуществляют их центрифугирование и высушивание.