Группа изобретений относится к биотехнологии и генетической инженерии. Предложена плазмида для внесения модификаций в геном бактерий рода Bacillus с использованием системы репарации негомологичного соединения концов, содержащая ген cpf1, под контролем индуцируемого промотора, ген, кодирующий репрессор для соответствующего индуцируемого промотора, операторную последовательность cre для дополнительной репрессии гена cpfl репрессором СсрА, область для встраивания последовательности, направляющей гидРНК, включающей спейсер к ДНК-мишени, расположенную под контролем сильного конститутивного промотора. Также предложен способ модификации генома бактерий рода Bacillus по пути негомологичного соединения концов с использованием указанной плазмиды. Группа изобретений обеспечивает контролируемую экспрессию нуклеазы Cpf1 в бактериях рода Bacillus и позволяет вносить направленные модификации в геном бактерий рода Bacillus без использования маркеров устойчивости к антибиотикам. 2 н. и 12 з.п. ф-лы, 12 ил., 2 табл., 9 пр.