Программы для ЭВМ

Программа (demuxDDrad) для демультиплексации данных, полученных с помощью ddRAD секвенирования на приборе illumina NovaSeq 6000. Программа производит демультиплекасацию по внутренним индексным последовательностям (находящихся в начале самих нуклеотидных чтений). В качестве "входящих" файлов принимает нуклеотидные чтения, созданные при демультиплексации по внешним индексам с помощью стандартной утилиты от illumina - bcl2fastq, и таблицы с названиями образцов и последовательностями внутренних индексов. Для каждого образца требуется две индексные последовательности. Для определения индексных последовательностей необходима информация о протоколе приготовления ddRAD библиотек. В качестве базового протокола используется протокол, опубликованный в статье Franchini (PMID: 28247584). Этот протокол подразумевает, что перед индексной последовательностью находится последовательность из четырех случайных нуклеотидов, которая удаляется, в процессе работы скрипта, перед демультиплексацией. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (ParserGB) для получения genbank файлов из базы данных NCBI, с возможностью парсинга полей метаданных и представления их в табличном виде. Genbank файл представляет собой текстовый файл, содержащий как правило нуклеотидную или аминокислотную последовательность, ее аннотацию и метаинформацию об авторах и изучаемом объекте. На вход программе подается один или несколько идентификаторов последовательностей в базе данных GenBank NCBI. На выходе пользователь получает табличный файл, содержащий идентификаторы последовательностей и их метаданные, например: список авторов, название изучаемого организма, место сбора, координаты сбора и другие характеристики, которые указаны в genbank файле. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (CircValid) для поиска, аннотации и визуализации кольцевых РНК, используя данные наиболее популярных биоинформатических предсказателей регуляторных молекул. С помощью программы пользователи могут конструировать ДНК-праймеры для валидации кольцевых РНК в транскриптоме при помощи полимеразной цепной реакции и определять специфичность ДНК-праймеров. Программа - это удобный набор инструментов, автоматизированный при помощи docker, используемый для изучения кольцевых РНК и не требующий специальных навыков пользователя. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа позволяет аннотировать кольцевые РНК, присваивая предполагаемые гены хозяина из локальных или общедоступных баз данных, таких как «Национальный центр для биотехнологической информации» (NCBI). Так же данная программа может использоваться для поиска различий между кольцевыми РНК на основе их структурных компонентов (экзонных, интронных, экзонно-интронных или межгенных) с использованием файла аннотации генома. В качестве входных данных программа использует выходные данные наиболее распространенных инструментов прогнозирования кольцевых РНК (CIRI, CIRI2, CircExplorer2, find_circ и circFinder) для аннотирования кольцевых РНК. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК, ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для автоматизированного определения таксономии терминальных узлов филогенетических деревьев на основании идентификаторов нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, идентификаторов геномных сборок в соответствии с базой данных NCBI Taxonomy. Тип ЭВМ: Персональный компьютер IBM PC; ОС: Linux, macOS, Windows. Perl 5.0.10

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для автоматизированного присвоения кластеров ортологичных генов и функциональных категорий генам бактериальных геномов на основании анализа выравниваний против референсной базы данных с применением ассоциативных массивов. Perl 5.0.10

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа создана для расчёта контекста слова с учётом расстояний между словами W1-W2 и W2-W3. Область применения – контекстный анализ слов. При отсутствии слов W2 рассчитываются расстояния между словами W1–W3. Также контекст слова проверяется в 3-х модификациях программы. В первом и стандартном варианте расстояние считается как L=N+1, где N — количество слов, находящихся между словами. Во втором варианте, если расстояние между словами было меньше или равно 10 и слово W3 шло после W2 или W1, L автоматически приравнивается к единице. В третьем варианте сохраняются те же условия, что и во втором, только расстояние должно быть меньше или равно 20. Результаты работы программы отображаются в виде таблицы с данными. В первой колонке указывается контекст определяемого слова, в остальных – величина контекстного значения (С) по каждому из заданных классов. Perl,

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Институт теоретической и экспериментальной физики имени А.И. Алиханова Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» (RU)

Программа предназначена для кластеризации метагеномных последовательностей, полученных в ходе сборки метагенома - метагеномных контигов. Включает инструмент для фрагментации метагеномных последовательностей с заданным размером окна, инструмент для подсчёта тетрамеров - возможных комбинаций четырёх нуклеотидов - в последовательностях. На основании данных картирования прочтений, проводимого на фрагментированные последовательности, определяется среднее покрытие последовательности. Полученные данные нормализуются и посредством снижения числа размерностей данных и последующей кластеризации фрагменты последовательностей относят к тому или иному кластеру либо некластеризованным последовательностям. Фрагменты одной последовательности, идующие подряд и относящиеся к одному кластеру, объединяются в одну последовательность. Программа получает входные файлы в следующих форматах: в формате FASTA - метагеномные последовательности, в формате FASTQ - метагеномные прочтения. Выходные данные представлены в табличном формате. Визуализация кластеров представлена в графическом формате PNG. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux, macOS. Perl, R, GNU bash

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для автоматизации процесса настройки и обновления WEB-серверов под управлением Apache. С помощью данной программы можно настроить различные варианты конфигурации сервера для решения самого широкого круга задач. Данная программа используется для обеспечения работоспособности WEB-интерфейсов систем администрирования, разработки и мониторинга. Тип ЭВМ: IBM РС-совмест. ПК; ОС: CentOS. Puppet

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа предназначена для подготовки табличных данных, полученных из PDF документов, к последующему анализу/обработке путём их структуризации и представления в формате JSON. Табличные данные извлекаются из документов с помощью программы PDFMiner и сохраняются в файл в формате XML, который содержит информацию о макете страницы, а также положении каждого символа на странице, его шрифте и размере. На основе этой информации для каждой страницы производится реконструкция таблиц: поиск надписей по координатам символов, распознавание строк-заголовков и строк с данными на основе координат надписей по оси ординат, проверка корректности распознавания таблицы по количеству надписей во всех найденных строках. В программном модуле учитывается ряд частных случаев, к примеру наличие комментариев внутри таблиц. После реконструкции всех таблиц они записываются в формат JSON в виде двумерных массивов. Python

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)