Программы для ЭВМ

Программа (demuxDDrad) для демультиплексации данных, полученных с помощью ddRAD секвенирования на приборе illumina NovaSeq 6000. Программа производит демультиплекасацию по внутренним индексным последовательностям (находящихся в начале самих нуклеотидных чтений). В качестве "входящих" файлов принимает нуклеотидные чтения, созданные при демультиплексации по внешним индексам с помощью стандартной утилиты от illumina - bcl2fastq, и таблицы с названиями образцов и последовательностями внутренних индексов. Для каждого образца требуется две индексные последовательности. Для определения индексных последовательностей необходима информация о протоколе приготовления ddRAD библиотек. В качестве базового протокола используется протокол, опубликованный в статье Franchini (PMID: 28247584). Этот протокол подразумевает, что перед индексной последовательностью находится последовательность из четырех случайных нуклеотидов, которая удаляется, в процессе работы скрипта, перед демультиплексацией. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (ParserGB) для получения genbank файлов из базы данных NCBI, с возможностью парсинга полей метаданных и представления их в табличном виде. Genbank файл представляет собой текстовый файл, содержащий как правило нуклеотидную или аминокислотную последовательность, ее аннотацию и метаинформацию об авторах и изучаемом объекте. На вход программе подается один или несколько идентификаторов последовательностей в базе данных GenBank NCBI. На выходе пользователь получает табличный файл, содержащий идентификаторы последовательностей и их метаданные, например: список авторов, название изучаемого организма, место сбора, координаты сбора и другие характеристики, которые указаны в genbank файле. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: Linux. Perl 5.0 и новее

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (программа развертывания системы предоставления вычислительной среды в кластере Kubernetes) предназначена для запуска в имеющемся вычислительном кластере с оркестратором Kubernetes набора взаимосвязанных контейнеров, совокупность которых позволяет пользователям системы получать доступ к вычислительным ресурсам в сети НИЦ «Курчатовский институт» с использованием графического пользовательского интерфейса. Контейнеры создаются на базе заранее подготовленных образов Docker. В результате работы программы автоматически разворачиваются контейнеры для работы в среде X11 ОС CentOS 7, Ubuntu 16, Ubuntu 18 , Apache Guacamole server, Apache Guacamole client, MySQL server, настраиваются необходимые параметры их сетевого взаимодействия. Bash, YAML

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа (программа сборки Docker-образов виртуальных рабочих столов) предназначена для сборки образов контейнеров в формате системы контейнеризации Docker, предназначенных для удаленного доступа к вычислительным ресурсам в сети НИЦ «Курчатовский институт» с использованием графического пользовательского интерфейса. Образы контейнеров создаются на базе заранее подготовленных шаблонов сценариев. В результате работы программы автоматически в локальный сетевой репозиторий Docker помещаются образы контейнеров с набором программного обеспечения для удаленной работы в среде X11 ОС CentOS 7, Ubuntu 16 посредством подключения по протоколу RDP. Bash

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа Beamsync, версия 01, предназначена для управления микроконтроллерным блоком синхронизации экспериментальных установок, размещаемых на выводах пучков заряженных частиц ускорителей. Программа может использоваться для управления запросом пучка с ускорителя и синхронизованного запуска и считывания данных из экспериментального диагностического оборудования. Функциональные возможности: автоматизированное управление процессом запроса пучка и запуском диагностического оборудования, выполнение удаленного (посредством протокола TCP/IP Sockets) запроса на считывание данных. Запись контрольных параметров в удаленную базу данных MySQL. Регулировка дозы облучения образцов в радиобиологических экспериментах. Delphi

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Институт теоретической и экспериментальной физики имени А.И. Алиханова Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» (RU)

Программа Chain_2022 предназначена для вычисления числа/массы и активностей радионуклидов на произвольный момент времени после начала облучения с учетом цепочки радиоактивных превращений, связанных с ? и ? распадами радионуклидов, и сечений взаимодействия радионуклидов с облучаемыми частицами. Delphi

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа MCU-C с банком данных MDBCRF0 и MDBCE71 предназначена для моделирования процессов переноса нейтронов, фотонов, позитронов и электронов. Программа ориентирована на расчеты современных модификаций полномасштабных активных зон реакторов водо-водяного типа с возможностью регулирования спектром нейтронов и их фрагментов. Моделирование выполняется аналоговыми и весовыми методами Монте-Карло на основе оценённых ядерных данных в системах с трёхмерной геометрией с непрерывным слежением за энергией нейтронов, фотонов и электронов и учётом изменения изотопного состава материалов. Работает в многопроцессорном режиме с динамическим распределением памяти.

Акционерное общество «Российский концерн по производству электрической и тепловой энергии на атомных станциях» (RU) Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ» (RU)

Программа PACPRES, версия 01, предназначена для организации отказоустойчивого, на базе автономных контроллеров, считывания, посредством сети Ethernet, и сохранения в серверной базе данных MySQL (БД) показаний датчиков давлений считываемых с приборов измерения давлений Pfeiffer MaxiGauge. Считывание и запись значений давлений производиться с использованием протокола TCP/IP Sockets и S Q L запросов. Прибор измерения давлений подключается к сети Ethernet через преобразователь RS232-Ethernet. Тестирование программы проводилось на контроллере ICPDAS ХР-8041. Программа обеспечивает: Автономное, удаленное, посредством сети Ethernet и протокола TCP/IP Sockets, считывание и запись значений давлений в таблице БД на сервере, одноразово или с заданным периодом; Доступ к настройкам преобразователя RS232-Ethernet, такого как Моха NPort, и выполняет его удаленную перезагрузку в случае кратковременного исчезновения питания; Автоматически восстанавливает работу после сбоя питания приборов. С#

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Институт теоретической и экспериментальной физики имени А.И. Алиханова Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» (RU)

Программа «checkauthdata» представляет собой сенсор для системы мониторинга Nagios и предназначена для проверки состояния инфраструктуры открытых ключей, используемых для авторизации в ГРИД. Сенсор проверяет наличие и корректность сертификатов удостоверяющих центров, наличие и корректность списков отозванных сертификатов, соответствие установленных сертификатов политике EGI, а также их актуальность. Также при необходимости может быть проведена проверка наличия и корректности сертификата узла. Наличие на узле такого сенсора позволяет оперативно выявлять и устранять ошибки авторизации. Тип ЭВМ: IBM compatible. ОС: CentOS. Bash

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

Программа «check_dcache_pools» представляет собой сенсор для системы мониторинга Nagios и предназначена для проверки состояния элементов системы хранения dCache (т.н. пулов). Сенсор позволяет оперативно отслеживать возникновение на пулах нештатных ситуаций, повлекших за собой смену состояния пула и, как следствие, недоступность файлов, хранящихся на этом пуле. Сенсор поддерживает работу как с обычной системой dCache, так и с системой интегрированной с ленточной библиотекой. Тип ЭВМ: IBM compatible. ОС: CentOS 7. Python 2

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)