Базы данных

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа генетических вариаций штаммов бактериальных молочных заквасок, относящихся к виду Lactococcus cremoris. База данных получена анализом результатов высокопроизводительного секвенирования 13 коллекционньгх бактериальных штаммов, депонированных во Всероссийской коллекции Промышленных Микроорганизмов. БД суммарно включает вариации в 28 905 локусах, аннотированных относительно полного референсного генома штамма Lactococcus cremoris MG1363. В БД приведены однонулкотидные замены, инсерции и делеции. БД представляет интерес для специалистов с области геномики, эволюционной биологии, промышленных биотехнологий, пищевых технологий и биомедицины. BCFtools версия 1.7 и новее, Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об олигонуклеотидных полиморфизмах (SNP), характеризующих разные сорта данной плодовой культуры. На сегодняшний день это единственная генетическая база в России по сортам персика обыкновенного, уникальная коллекция которого собрана в Никитском ботаническом саду. Информация из базы данных расширяет научные знания о генетике и филогении персика. База данных будет полезна и интересна для специалистов изучающих данную плодовую культуру. MongoDB 4.4.3

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты глубоководных рыб. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования микробиоты глубоководных рыб. База данных включает 113 CRISPR/Cas-оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности. Также для каждого CRISPR/Cas-оперона представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas-системы. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа частот использования кодонов в геномах типовых штаммов грибов. Ввиду избыточности генетического кода одна аминокислота может быть кодирована более чем одним триплетом нуклеотидов (кодонов). При этом синонимичные замены не влияют на структуру и функции белка, а замена минорных (редких) кодонов на синонимичные мажорные (частые) приводит к увеличению скорости синтеза пептидов. Таким образом, знание частот использования кодонов может помочь в выборе оптимальных кодонов для повышения эффективности трансляции гена для целей биотехнологии. Для 1 043 публично доступных геномов типовых штаммов грибов были предсказаны открытые рамки считывания и определены относительные частоты для каждого из 64 кодонов. Каждая запись сопровождается бинарной таксономией и таксономическим идентификатором NCBI для упрощения дальнейшей работы с базой. БД может представлять интерес для биоинженеров, молекулярных биологов, биотехнологов и биоинформатиков. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию фосфора для одноклеточной цианобактерии. Описаны эксперименты по влиянию на рост и развитие микроорганизма содержания в среде фосфора. Оценка проводилась на основании результатов измерения оптической плотности спиртового экстракта клеток и расчетного содержания хлорофилла в клетках. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов. Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию о РНК-олигонуклеотидах, являющихся направляющими РНК для тестирования возможности Cas эффекторов катализировать высокоспецифичное и эффективное расщепление ДНК-мишени in vitro. Направляющие РНК- олигонуклеотиды состоят из фиксированной последовательности скаффолда, характерной для исследуемого эффектора, и переменных З'-спейсерных частей. База данных предназначена для специалистов в области молекулярной биологии и биоинженерии, и может использоваться для исследований CRISPR/Cas систем. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных представляет собой наборы данных для однокопийных консервативных маркерных генов: марковская модель для поиска маркерных последовательностей в данных секвенирования, филогенетического древа для классификации прочтений и таксономии терминальных узлов филогенетического древа. Для создания базы данных была проведена фильтрация идентичных последовательностей маркерных генов из исходного набора (более 57 тыс. последовательностей) базы GTDB (База данных полногеномной таксономии), множественное выравнивание отфильтрованных последовательностей, формирование марковской модели, построение филогенетического древа и тестирование полученного набора. GraftM

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит индивидуальные функциональные коннектомы, рассчитанные для больных шизофренией и группы контроля. Функциональные коннектомы построены по данным функциональной МРТ с использованием разных методов вычисления силы взаимодействия между регионами головного мозга, включая методы, основанные на: корреляции Пирсона, трансферной энтропии, частотной когерентности, мгновенной когерентности. При расчете коннектомов были использованы индивидуальные функционально-однородные регионы, полученные в стационарном режиме и в скользящем временном окне. PostgreSQL

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию азота для культуры одноклеточной цианобактерии. Описаны эксперименты по оценке влияния на рост и развитие микроорганизмов содержания в среде азота для бактерии Synechocysis sp. 6803 GS efe, способной продуцировать этилен. Оценка влияния на рост и развитие микроорганизмов содержания в среде азота проводилась на основании результатов измерения оптической плотности культуральной среды и спиртового экстракта. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов. Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных предназначена для сбора, хранения и анализа геномных сигнатур промышленных штаммов филаментных грибов. Геномная сигнатура представляет собой набор чисел, однозначно соответствующих коротким фрагментам ДНК длиной 31 нуклеотид, идентифицирующим генетическую информацию данного организма. База данных получена анализом полных геномных сборок 67 штаммов филаментных грибов, депонированных во Всеросийской коллекции промышленных микроорганизмов, и выделением нормализованной сигнатуры мощностью в 1000 фрагментов. База данных позволяет проводить экспресс-идентификацию образцов филаментных грибов на основании данных секвенирования или геномных последовательностей. База данных может представлять интерес для микробиологов, специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженеров. Sourmash или JSON-совместимая СУБД

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)