Базы данных

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа генетических вариаций штаммов бактериальных молочных заквасок, относящихся к виду Lactococcus cremoris. База данных получена анализом результатов высокопроизводительного секвенирования 13 коллекционньгх бактериальных штаммов, депонированных во Всероссийской коллекции Промышленных Микроорганизмов. БД суммарно включает вариации в 28 905 локусах, аннотированных относительно полного референсного генома штамма Lactococcus cremoris MG1363. В БД приведены однонулкотидные замены, инсерции и делеции. БД представляет интерес для специалистов с области геномики, эволюционной биологии, промышленных биотехнологий, пищевых технологий и биомедицины. BCFtools версия 1.7 и новее, Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит актуализированную на октябрь 2022 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях) зарубежных и российских исследователей, в которых описаны методы генетической инженерии, вектора (плазмиды), используемые для доставки и экспрессии генов, генетические части, используемые для настройки экспрессии генов, гены-репортёры, используемые для разработки генетических инструментов, гены маркеров для селекции и контрселекции, и полногеномные секвенирования для промышленно-значимых бактерий Rhodococcus. Ценность базы данных заключатся в том, что из большого количества источников, в которых описаны работы с бактериями Rhodococcus, с использованием накопленного авторами опыта вручную (т.к. такая работа не может быть автоматизирована) выбраны источники, содержащие именно генно-инженерные работы. База данных предназначена для использования при оценке мирового уровня достижений в области генетической инженерии бактерий Rhodococcus, а также при выборе методов конструирования и необходимых генетических элементов для штаммов бактерий Rhodococcus. БД создана в рамках соглашения с Министерством науки и высшего образования Российской Федерации от 31.10.2020 № 075-15-2019-1659. Microsoft Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о прокариотических системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты млекопитающих животных. БД получена анализом результатов глубокого полнометагеномного секвенирования 4 образцов микробных сообществ кишечника млекопитающих. База данных включает 137 CRISPR/Cas оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности прямого повтора. Также для каждого CRISPR/Cas оперона представлены последовательности спейсеров, суммарно 1 740 последовательностей. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных предназначена для сбора, хранения и анализа информации о генах полимераз и белков, связывающих одноцепочечную ДНК. Последовательности генов были найдены при анализе метагеномов 4 образцов микробных сообществ кишечника млекопитающих. База данных включает биоинформатические данные о струкрутуре гена и аминокислотные последовательности 54 ДНК-полимераз типа Б и 15 белков, связывающих одноцепочечную ДНК. База данных содержит информацию о ближайших генах-гомологах, имеющих подтверждённую функциональную аннотацию и/или подлежащих правовой охране. База данных может представлять интерес для специалистов с области биоинженерии, молекулярной и эволюционной биологии. FASTA, электронная таблица в открытом формате документов для офисных приложений (ODF Spreadsheet). Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию магния для штамма цианобактерии Synechocystis sp., чувствительного к глюкозе. Оценка влияния содержания магния на рост и развитие микроорганизмов проводилась на основании результатов измерения оптической плотности культуральной среды, измерения оптической плотности спиртового экстракта. Кроме того, приведены расчетные показатели содержания хлорофилла а в клетках цианобактерии в зависимости от содержания в питательной среде азота. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов. Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию магния для культуры одноклеточной цианобактерии. Описаны эксперименты по оценке влияния на рост и развитие микроорганизмов содержания в среде магния для бактерии Synechocysis sp. 6803 GS efe, способной продуцировать этилен. Оценка влияния на рост и развитие микроорганизмов содержания в среде магния проводилась на основании результатов измерения оптической плотности культуральной среды и спиртового экстракта. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов. Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию индуктора для культуры одноклеточной цианобактерии. Описаны эксперименты по оценке влияния на рост и развитие микроорганизмов содержания в среде хлорида кобальта для бактерии Synechocysis sp. 6803 GS efe, способной продуцировать этилен. Оценка влияния на рост и развитие микроорганизмов содержания в среде азота проводилась на основании результатов измерения оптической плотности культуральной среды и спиртового экстракта. Кроме того, была проведена оценка выхода продукта в зависимости от количества добавляемого индуктора. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов. Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию азота для штамма цианобактерии Synechocystis sp., чувствительного к глюкозе. Оценка влияния содержания азота на рост и развитие микроорганизмов проводилась на основании результатов измерения оптической плотности кулыуральной среды, измерения оптической плотности спиртового экстракта. Кроме того, приведены расчетные показатели содержания хлорофилла а в клетках цианобактерии в зависимости от содержания в питательной среде азота. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов Access

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных предназначена для сбора, хранения и анализа геномных сигнатур промышленных штаммов филаментных грибов. Геномная сигнатура представляет собой набор чисел, однозначно соответствующих коротким фрагментам ДНК длиной 31 нуклеотид, идентифицирующим генетическую информацию данного организма. База данных получена анализом полных геномных сборок 67 штаммов филаментных грибов, депонированных во Всеросийской коллекции промышленных микроорганизмов, и выделением нормализованной сигнатуры мощностью в 1000 фрагментов. База данных позволяет проводить экспресс-идентификацию образцов филаментных грибов на основании данных секвенирования или геномных последовательностей. База данных может представлять интерес для микробиологов, специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженеров. Sourmash или JSON-совместимая СУБД

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимальных концентраций компонентов питательной среды для ферментации бактериального штамма-продуцента триптофана в условиях пробирок. В качестве модельного штамма для оптимизации среды выбран штамм Escherichia coli ВКПМ В-14345, несущий в хромосоме ряд генетических модификаций, направленных на увеличение продукции незаменимой аминокислоты L-триптофана. База данных представляет интерес для микробиологов и биотехнологов. Access 2013

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)