Базы данных

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о названии белка, аминокислотной последовательности, а также молекулярной массе пептидов, полученных в результате гидролиза трипсином, в диапазоне от 50 до 2000 Да. БД получена путем анализа аминокислотных последовательностей 61 выделяемого белка и теоретического расчета молекулярных масс пептидов, образующихся в результате гидролиза этих белков трипсином. БД создана для идентификации и подтверждения аминокислотной последовательности белков, отсутствующих в открытых базах данных UniProt и Swiss-Prot, методом пептидной дактилоскопии. БД представляет интерес для биохимиков и специалистов в области белковой хроматографии, может быть использована для подтверждения аминокислотной последовательности (подлинности) целевого белка, в том числе на стадии продукции, а также оценки качества белкового препарата.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о нуклеотидных последовательностях спейсеров, которые могут использоваться для создания направляющих РНК для Cas-эффекторов системы CRISPR-Cas VI типа, направленных против РНК карантинных фитопатогенных вирусов. БД получена анализом результатов всех представленных в базе данных NCBI virus последовательностях (дата обращения 03.07.2024) следующих вирусов растений: бенивирус некротического пожелтения жилок свеклы (Beet necrotic yellow vein virus), вирус некротической пятнистости бальзамина (Impatiens necrotic spot virus), вирус пятнистого увядания томата (Tomato spotted wilt virus), неповирус кольцевой пятнистости табака (Tobacco ringspot virus), вироид веретеновидности клубней картофеля (Potato spindle tuber viroid). БД включает ранжированный список спейсеров, нацеленных на высоко консервативные участки РНК фитопатогенов вирусной природы, созданный с использованием веб-ресурса https://casl3design.nygenome.org/. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной биологии, биотехнологии, а также биоинженерии и использоваться для создания диагностических систем обнаружения карантинных фитопатогенов, основанных на системе CRISPR-Cas.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации об аминокислотных последовательностях эффекторных нуклеаз систем CRISPR/Cas II и V типов, встречающихся в микробных сообществах микробиоты лошади. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования 12 образцов микробиоты лошади (Бурятия). БД включает 16 аминокислотных последовательностей Cas- эффекторных нуклеаз. Также для каждой аминокислотной последовательности представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas системы: II или V, и их подтип. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о последовательностях направляющих РНК системы редактирования генома CRISPR-Cas V типа, с помощью которых можно вносить направленные делеций в геном клеточной линии НЕК293Т в трех генах: DNMT1, ЕМХ1 и VEGFA. БД получена путем анализа целевых участков генома клеточной линии НЕК293Т и поиска направляющих РНК с наименьшим офф-таргет эффектом с использованием разработанного биоинформатического пайплайна. База данных включает 44 последовательности направляющих РНК системы CRISPR-Cas V типа. Направляющие РНК нацелены на ДНК- мишени с различными последовательностями РАМ, что позволяет адаптировать их под использование в комплексе с эффекторными белками с различной РАМ-специфичностью. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и клеточной биологии, а также биоинженерии. FASTA, текстовая таблица.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных предназначена для валидации программ для ЭВМ, применяемых для обоснования безопасной эксплуатации реакторов РБМК, в том числе для анализа тяжелых стадий запроектных аварий. База данных состоит из данных по моделированию на критстенде РБМК тяжелой стадии запроектных аварий, а также данных, полученных из экспериментов на критсборках по измерению реактивности систем, пространственного распределения потока нейтронов, взвешиванию отдельных элементов сборок, определению эффектов обезвоживания.

Акционерное общество «Российский концерн по производству электрической и тепловой энергии на атомных станциях» (RU) Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «КУРЧАТОВСКИЙ ИНСТИТУТ» (RU)

База данных содержит таблицы с заселенностями и энергиями молекулярных орбиталей кластеров AnO8 (An = Th - Lr) в диапазоне энергий МО от ~ -10 до ~50 эВ, рассчитанные релятивистским методом дискретного варьирования (РДВ), а также сечения фотоэффекта An 6s-, 6p1/2-, 6р3/2-, 6b3/2-, 6d5/2-, 7S-, 5f5/2-, 5f7/2-, 7р1/2-, 7р3/2- и O 2s-, 2p1/2-, 2р3/2-электронов. Эти таблицы необходимы для расшифровки рентгеновских спектров (фотоэлектронных, конверсионных, эмиссионных, поглощения, резонансной эмиссии валентных электронов и др.) База данных представляет интерес для специалистов в области рентгеноэлектронной спектроскопии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об олигонуклеотидных полиморфизмах (SNP), характеризующих разные сорта данной плодовой культуры. На сегодняшний день это единственная генетическая база в России по сортам персика обыкновенного, уникальная коллекция которого собрана в Никитском ботаническом саду. Информация из базы данных расширяет научные знания о генетике и филогении персика. База данных будет полезна и интересна для специалистов изучающих данную плодовую культуру. MongoDB 4.4.3

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных содержит информацию об олигонуклеотидных полиморфизмах (SNP), характеризующих разные сорта маслины . На сегодняшний день это единственная генетическая база в России по сортам маслины европейской . Информация из базы данных расширяет научные знания о генетике и филогении маслины европейской . Созданная база будет полезна и интересна для специалистов, изучающих данную плодовую культуру.

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты глубоководных рыб. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования микробиоты глубоководных рыб. База данных включает 113 CRISPR/Cas-оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности. Также для каждого CRISPR/Cas-оперона представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas-системы. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа частот использования кодонов в геномах типовых штаммов грибов. Ввиду избыточности генетического кода одна аминокислота может быть кодирована более чем одним триплетом нуклеотидов (кодонов). При этом синонимичные замены не влияют на структуру и функции белка, а замена минорных (редких) кодонов на синонимичные мажорные (частые) приводит к увеличению скорости синтеза пептидов. Таким образом, знание частот использования кодонов может помочь в выборе оптимальных кодонов для повышения эффективности трансляции гена для целей биотехнологии. Для 1 043 публично доступных геномов типовых штаммов грибов были предсказаны открытые рамки считывания и определены относительные частоты для каждого из 64 кодонов. Каждая запись сопровождается бинарной таксономией и таксономическим идентификатором NCBI для упрощения дальнейшей работы с базой. БД может представлять интерес для биоинженеров, молекулярных биологов, биотехнологов и биоинформатиков. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)