Базы данных

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о последовательностях направляющих РНК системы редактирования генома CRISPR-Cas V типа, с помощью которых можно вносить направленные делеций в геном клеточной линии НЕК293Т в трех генах: DNMT1, ЕМХ1 и VEGFA. БД получена путем анализа целевых участков генома клеточной линии НЕК293Т и поиска направляющих РНК с наименьшим офф-таргет эффектом с использованием разработанного биоинформатического пайплайна. База данных включает 44 последовательности направляющих РНК системы CRISPR-Cas V типа. Направляющие РНК нацелены на ДНК- мишени с различными последовательностями РАМ, что позволяет адаптировать их под использование в комплексе с эффекторными белками с различной РАМ-специфичностью. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и клеточной биологии, а также биоинженерии. FASTA, текстовая таблица.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации об аминокислотных последовательностях эффекторных нуклеаз систем CRISPR/Cas II и V типов, встречающихся в микробных сообществах микробиоты лошади. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования 12 образцов микробиоты лошади (Бурятия). БД включает 16 аминокислотных последовательностей Cas- эффекторных нуклеаз. Также для каждой аминокислотной последовательности представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas системы: II или V, и их подтип. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о нуклеотидных последовательностях спейсеров, которые могут использоваться для создания направляющих РНК для Cas-эффекторов системы CRISPR-Cas VI типа, направленных против РНК карантинных фитопатогенных вирусов. БД получена анализом результатов всех представленных в базе данных NCBI virus последовательностях (дата обращения 03.07.2024) следующих вирусов растений: бенивирус некротического пожелтения жилок свеклы (Beet necrotic yellow vein virus), вирус некротической пятнистости бальзамина (Impatiens necrotic spot virus), вирус пятнистого увядания томата (Tomato spotted wilt virus), неповирус кольцевой пятнистости табака (Tobacco ringspot virus), вироид веретеновидности клубней картофеля (Potato spindle tuber viroid). БД включает ранжированный список спейсеров, нацеленных на высоко консервативные участки РНК фитопатогенов вирусной природы, созданный с использованием веб-ресурса https://casl3design.nygenome.org/. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной биологии, биотехнологии, а также биоинженерии и использоваться для создания диагностических систем обнаружения карантинных фитопатогенов, основанных на системе CRISPR-Cas.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)