Базы данных

База данных (БД) содержит информацию о полных геномах типовых штаммов Актинобактерий. В базе данных представлены 91378 значений средней аминокислотной идентичности (САИ) наборов кодирующих последовательностей, стандартного отклонения САИ и доле от набора генов, определённых на основании алгоритма выравнивания diamond. В базе данных представлены 19030 значений средней нуклеотидной идентичности (СНИ) геномных последовательностей и доли длины выравнивания, рассчитанные алгоритмом fastANI. Для каждого генома указан идентификатор в базе данных NCBI RefSeq, таксономический идентификатор в базе NCBI Taxonomy, таксономическое наименование и статус репрезентативного генома (1 - да, 0 - нет) на основании СНИ. БД представляет интерес для биоинформатиков, молекулярных биологов и специалистов в области биотехнологий для верификации таксономии и оптимизации биотехнологических работ, включая конструирование новых штаммов. БД создана в рамках соглашения с Министерством науки и высшего образования Российской Федерации от 31.10.2020 № 075-5-2019-1659. -

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) содержит актуальную на июнь 2024 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях и патентах) зарубежных и российских исследователей, в которых описаны дрожжевые Штаммы микроорганизмов-продуценты L- и D-молочной кислоты, источники генов гетерологичных лактатдегидрогеназ, экспрессируемых в клетках дрожжей, подходы метаболической инженерии для создания продуцентов, способы культивирования штаммов-продуцентов. БД создана для использования при конструировании продуцентов молочной кислоты мирового уровня на основе дрожжей, а также для выбора необходимых генетических элементов и модификаций для редактирования дрожжевого генома. Из источников, в которых описаны работы по созданию штаммов-продуцентов молочной кислоты, были выбраны источники, содержащие информацию только по дрожжевым продуцентам молочной кислоты. БД могут использовать в своей работе специалисты в области генетической инженерии дрожжей, биотехнологи и микробиологи.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) содержит актуализированную на июнь 2023 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях) зарубежных исследователей, в которых описаны подходы к конструированию штаммов-продуцентов рекомбинантной альфа-амилазы, в частности, клонирование и экспрессия гетерологичных генов, кодирующих альфа-амилазу, с использованием различных штаммов-реципиентов. Также представлена характеристика новых альфа-амилаз с промышленно важными свойствами. БД создана для использования при оценке мирового уровня достижений в области получения рекомбинантной альфа-амилазы методом генетической инженерии и при необходимости получения фермента с заданными свойствами. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) содержит актуализированную на июль 2023 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях) зарубежных и российских исследователей, посвященных продукции у С. glutamicum аминокислоты L изолейцин и родственных соединений. В представленных источниках приводятся: биохимические реакции пути биосинтеза L-изолейцина; ферменты, их катализирующие, и гены этих ферментов; транспортные системы, участвующие в переносе L-изолейцина наружу и внутрь клетки, механизмы регуляции биосинтеза и транспорта L-изолейцина; подходы к увеличению продукции данной аминокислоты. Ценность БД заключатся в том, что из большого массива источников, в которых описаны метаболические процессы С. glutamicum и участвующие в них гены, ферменты и регуляторные факторы, автор с использованием накопленного опыта вручную (поскольку такая работа не может быть автоматизирована) выбрал работы, содержащие данные по продукции L-изолейцина, его предшественников и тех метаболитов, для которых предшественником служит сам L-изолейцин. БД предназначена для использования специалистами в области создания на основе С. glutamicum продуцентов L-валина и родственных соединений, а также учёными, занимающиеся изучением генетики, биохимии и физиологии коринебактерий. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) содержит актуализированную на июль 2023 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях) зарубежных и российских исследователей, посвященных продукции у С. glutamicum аминокислоты L валин и родственных соединений. В представленных источниках приводятся: биохимические реакции пути биосинтеза L валина; ферменты, их катализирующие, и гены этих ферментов; транспортные системы, участвующие в переносе L валина наружу и внутрь клетки, механизмы регуляции биосинтеза и транспорта L- валина; подходы к увеличению продукции данной аминокислоты. Ценность БД заключатся в том, что из большого массива источников, в которых описаны метаболические процессы С. glutamicum и участвующие в них гены, ферменты и регуляторные факторы, автор с использованием накопленного опыта вручную (поскольку такая работа не может быть автоматизирована) выбрал работы, содержащие данные по продукции L-валина и его предшественников. БД предназначена для использования специалистами в области создания на основе С. glutamicum продуцентов L-валина и родственных соединений, а также учёными, занимающимися изучением генетики, биохимии и физиологии коринебактерий. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа частот использования кодонов в геномах типовых штаммов грибов. Ввиду избыточности генетического кода одна аминокислота может быть кодирована более чем одним триплетом нуклеотидов (кодонов). При этом синонимичные замены не влияют на структуру и функции белка, а замена минорных (редких) кодонов на синонимичные мажорные (частые) приводит к увеличению скорости синтеза пептидов. Таким образом, знание частот использования кодонов может помочь в выборе оптимальных кодонов для повышения эффективности трансляции гена для целей биотехнологии. Для 1 043 публично доступных геномов типовых штаммов грибов были предсказаны открытые рамки считывания и определены относительные частоты для каждого из 64 кодонов. Каждая запись сопровождается бинарной таксономией и таксономическим идентификатором NCBI для упрощения дальнейшей работы с базой. БД может представлять интерес для биоинженеров, молекулярных биологов, биотехнологов и биоинформатиков. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации об аминокислотных последовательностях эффекторных нуклеаз систем CRISPR/Cas II и V типов, встречающихся в микробных сообществах микробиоты лошади. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования 12 образцов микробиоты лошади (Бурятия). БД включает 16 аминокислотных последовательностей Cas- эффекторных нуклеаз. Также для каждой аминокислотной последовательности представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas системы: II или V, и их подтип. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты глубоководных рыб. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования микробиоты глубоководных рыб. База данных включает 113 CRISPR/Cas-оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности. Также для каждого CRISPR/Cas-оперона представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas-системы. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о прокариотических системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты млекопитающих животных. БД получена анализом результатов глубокого полнометагеномного секвенирования 4 образцов микробных сообществ кишечника млекопитающих. База данных включает 137 CRISPR/Cas оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности прямого повтора. Также для каждого CRISPR/Cas оперона представлены последовательности спейсеров, суммарно 1 740 последовательностей. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о последовательностях направляющих РНК системы редактирования генома CRISPR-Cas V типа, с помощью которых можно вносить направленные делеций в геном клеточной линии НЕК293Т в трех генах: DNMT1, ЕМХ1 и VEGFA. БД получена путем анализа целевых участков генома клеточной линии НЕК293Т и поиска направляющих РНК с наименьшим офф-таргет эффектом с использованием разработанного биоинформатического пайплайна. База данных включает 44 последовательности направляющих РНК системы CRISPR-Cas V типа. Направляющие РНК нацелены на ДНК- мишени с различными последовательностями РАМ, что позволяет адаптировать их под использование в комплексе с эффекторными белками с различной РАМ-специфичностью. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и клеточной биологии, а также биоинженерии. FASTA, текстовая таблица.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)