Базы данных

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации об аминокислотных последовательностях эффекторных нуклеаз систем CRISPR/Cas II и V типов, встречающихся в микробных сообществах микробиоты лошади. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования 12 образцов микробиоты лошади (Бурятия). БД включает 16 аминокислотных последовательностей Cas- эффекторных нуклеаз. Также для каждой аминокислотной последовательности представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas системы: II или V, и их подтип. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о нуклеотидных последовательностях спейсеров, которые могут использоваться для создания направляющих РНК для Cas-эффекторов системы CRISPR-Cas VI типа, направленных против РНК карантинных фитопатогенных вирусов. БД получена анализом результатов всех представленных в базе данных NCBI virus последовательностях (дата обращения 03.07.2024) следующих вирусов растений: бенивирус некротического пожелтения жилок свеклы (Beet necrotic yellow vein virus), вирус некротической пятнистости бальзамина (Impatiens necrotic spot virus), вирус пятнистого увядания томата (Tomato spotted wilt virus), неповирус кольцевой пятнистости табака (Tobacco ringspot virus), вироид веретеновидности клубней картофеля (Potato spindle tuber viroid). БД включает ранжированный список спейсеров, нацеленных на высоко консервативные участки РНК фитопатогенов вирусной природы, созданный с использованием веб-ресурса https://casl3design.nygenome.org/. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной биологии, биотехнологии, а также биоинженерии и использоваться для создания диагностических систем обнаружения карантинных фитопатогенов, основанных на системе CRISPR-Cas.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о названии белка, аминокислотной последовательности, а также молекулярной массе пептидов, полученных в результате гидролиза трипсином, в диапазоне от 50 до 2000 Да. БД получена путем анализа аминокислотных последовательностей 61 выделяемого белка и теоретического расчета молекулярных масс пептидов, образующихся в результате гидролиза этих белков трипсином. БД создана для идентификации и подтверждения аминокислотной последовательности белков, отсутствующих в открытых базах данных UniProt и Swiss-Prot, методом пептидной дактилоскопии. БД представляет интерес для биохимиков и специалистов в области белковой хроматографии, может быть использована для подтверждения аминокислотной последовательности (подлинности) целевого белка, в том числе на стадии продукции, а также оценки качества белкового препарата.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) содержит актуальную на июнь 2024 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях и патентах) зарубежных и российских исследователей, в которых описаны дрожжевые Штаммы микроорганизмов-продуценты L- и D-молочной кислоты, источники генов гетерологичных лактатдегидрогеназ, экспрессируемых в клетках дрожжей, подходы метаболической инженерии для создания продуцентов, способы культивирования штаммов-продуцентов. БД создана для использования при конструировании продуцентов молочной кислоты мирового уровня на основе дрожжей, а также для выбора необходимых генетических элементов и модификаций для редактирования дрожжевого генома. Из источников, в которых описаны работы по созданию штаммов-продуцентов молочной кислоты, были выбраны источники, содержащие информацию только по дрожжевым продуцентам молочной кислоты. БД могут использовать в своей работе специалисты в области генетической инженерии дрожжей, биотехнологи и микробиологи.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных содержит результаты функциональной аннотации 1023 геномов типовых штаммов аскомицетных грибов. Для каждого белка приведена следующая информация: геномная сборка, порядковый номер гена, функциональная категория кластера ортологичных генов, описание гена, предпочтительное наименование, номер Enzyme Comission, онтология по базе KEGG КО.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных предназначена для упорядоченного хранения результатов корреляционного анализа математических моделей анатомического строения головного мозга, построенных по результатам обработки и анализа экспериментальных МРТ-данных головного мозга человека, выполненных в различных режимах MP томографа для одного испытуемого.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных предназначена для сбора, хранения и анализа информации о последовательностях направляющих РНК для CRJSPR-опосредованного редактирования гена ADE2 в геноме Komagataella kurtzmanii с использованием систем CRISPR-Cas типов II и V. База данных была создана на основе анализа генома Komagataella kurtzmanii с использованием специализированного программного обеспечения для поиска направляющих РНК, минимизирующих нецелевые эффекты. База данных включает 107 последовательностей направляющих РНК систем CRISPR-Cas типов II и V. Направляющие РНК нацелены на ДНК-мишени с различными последовательностями РАМ, что позволяет адаптировать их под использование в комплексе с эффекторными белками с различной РАМ-специфичностью. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и клеточной биологии, а также биоинженерии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию фосфора для штамма цианобактерии Synechocystis sp. GFP, содержащего в себе ген флуоресцентного белка. Описаны эксперименты по влиянию на рост и развитие микроорганизма содержания в среде фосфора. Оценка проводилась на основании результатов измерения оптической плотности спиртового экстракта клеток. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных содержит информацию о нуклеотидной и аминокислотной последовательности, интенсивности красной флуоресценции, молекулярной яркости и химической стабильности и некоторых других свойствах красного флуоресцентного белка LSSmScarleG, который был разработан на основе предыдущей версии LSSmScarlet2. Основные преимущества LSSmScarlet3 заключаются в более высокой фотостабильности. Это делает его более подходящим для применения в конфокальной микроскопии и визуализации структурных белков в живых клетках млекопитающих. База данных может использоваться для экспансионной микроскопии, визуализации ex. vivo, иммуноокрашивания, флуоресцентной микроскопии, конфокальной визуализации структурных белков в живых клетках млекопитающих и многоцветной конфокальной визуализации в сопряжении с другими флуоресцентными белками. В своей работе могут использовать специалисты в области молекулярной биологии, генетики и биотехнологии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных содержит информацию об определении оптимумов и пределов толерантности по содержанию магния для штамма цианобактерии Synechocystis sp. GFP, содержащего в себе ген флуоресцентного белка. Описаны эксперименты по влиянию на рост и развитие микроорганизма содержания в среде магния. Оценка проводилась на основании результатов измерения оптической плотности спиртового экстракта клеток. База данных представляет интерес для микробиологов, экологов и биотехнологов.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)