Базы данных

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа генетических вариаций штаммов бактериальных молочных заквасок, относящихся к виду Lactococcus cremoris. База данных получена анализом результатов высокопроизводительного секвенирования 13 коллекционньгх бактериальных штаммов, депонированных во Всероссийской коллекции Промышленных Микроорганизмов. БД суммарно включает вариации в 28 905 локусах, аннотированных относительно полного референсного генома штамма Lactococcus cremoris MG1363. В БД приведены однонулкотидные замены, инсерции и делеции. БД представляет интерес для специалистов с области геномики, эволюционной биологии, промышленных биотехнологий, пищевых технологий и биомедицины. BCFtools версия 1.7 и новее, Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о названии белка, аминокислотной последовательности, а также молекулярной массе пептидов, полученных в результате гидролиза трипсином, в диапазоне от 50 до 2000 Да. БД получена путем анализа аминокислотных последовательностей 61 выделяемого белка и теоретического расчета молекулярных масс пептидов, образующихся в результате гидролиза этих белков трипсином. БД создана для идентификации и подтверждения аминокислотной последовательности белков, отсутствующих в открытых базах данных UniProt и Swiss-Prot, методом пептидной дактилоскопии. БД представляет интерес для биохимиков и специалистов в области белковой хроматографии, может быть использована для подтверждения аминокислотной последовательности (подлинности) целевого белка, в том числе на стадии продукции, а также оценки качества белкового препарата.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о нуклеотидных последовательностях спейсеров, которые могут использоваться для создания направляющих РНК для Cas-эффекторов системы CRISPR-Cas VI типа, направленных против РНК карантинных фитопатогенных вирусов. БД получена анализом результатов всех представленных в базе данных NCBI virus последовательностях (дата обращения 03.07.2024) следующих вирусов растений: бенивирус некротического пожелтения жилок свеклы (Beet necrotic yellow vein virus), вирус некротической пятнистости бальзамина (Impatiens necrotic spot virus), вирус пятнистого увядания томата (Tomato spotted wilt virus), неповирус кольцевой пятнистости табака (Tobacco ringspot virus), вироид веретеновидности клубней картофеля (Potato spindle tuber viroid). БД включает ранжированный список спейсеров, нацеленных на высоко консервативные участки РНК фитопатогенов вирусной природы, созданный с использованием веб-ресурса https://casl3design.nygenome.org/. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной биологии, биотехнологии, а также биоинженерии и использоваться для создания диагностических систем обнаружения карантинных фитопатогенов, основанных на системе CRISPR-Cas.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о последовательностях направляющих РНК системы редактирования генома CRISPR-Cas V типа, с помощью которых можно вносить направленные делеций в геном клеточной линии НЕК293Т в трех генах: DNMT1, ЕМХ1 и VEGFA. БД получена путем анализа целевых участков генома клеточной линии НЕК293Т и поиска направляющих РНК с наименьшим офф-таргет эффектом с использованием разработанного биоинформатического пайплайна. База данных включает 44 последовательности направляющих РНК системы CRISPR-Cas V типа. Направляющие РНК нацелены на ДНК- мишени с различными последовательностями РАМ, что позволяет адаптировать их под использование в комплексе с эффекторными белками с различной РАМ-специфичностью. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и клеточной биологии, а также биоинженерии. FASTA, текстовая таблица.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о прокариотических системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты млекопитающих животных. БД получена анализом результатов глубокого полнометагеномного секвенирования 4 образцов микробных сообществ кишечника млекопитающих. База данных включает 137 CRISPR/Cas оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности прямого повтора. Также для каждого CRISPR/Cas оперона представлены последовательности спейсеров, суммарно 1 740 последовательностей. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации о системах CRISPR/Cas, встречающихся в микробных сообществах микробиоты глубоководных рыб. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования микробиоты глубоководных рыб. База данных включает 113 CRISPR/Cas-оперонов. Для каждого оперона приведены его основные характеристики и нуклеотидные последовательности. Также для каждого CRISPR/Cas-оперона представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas-системы. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа информации об аминокислотных последовательностях эффекторных нуклеаз систем CRISPR/Cas II и V типов, встречающихся в микробных сообществах микробиоты лошади. БД получена анализом результатов полнометагеномного секвенирования 12 образцов микробиоты лошади (Бурятия). БД включает 16 аминокислотных последовательностей Cas- эффекторных нуклеаз. Также для каждой аминокислотной последовательности представлен предполагаемый тип CRISPR-Cas системы: II или V, и их подтип. БД может представлять интерес для специалистов в области молекулярной и эволюционной биологии, а также биоинженерии.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» (RU)

База данных (БД) предназначена для сбора, хранения и анализа частот использования кодонов в геномах типовых штаммов грибов. Ввиду избыточности генетического кода одна аминокислота может быть кодирована более чем одним триплетом нуклеотидов (кодонов). При этом синонимичные замены не влияют на структуру и функции белка, а замена минорных (редких) кодонов на синонимичные мажорные (частые) приводит к увеличению скорости синтеза пептидов. Таким образом, знание частот использования кодонов может помочь в выборе оптимальных кодонов для повышения эффективности трансляции гена для целей биотехнологии. Для 1 043 публично доступных геномов типовых штаммов грибов были предсказаны открытые рамки считывания и определены относительные частоты для каждого из 64 кодонов. Каждая запись сопровождается бинарной таксономией и таксономическим идентификатором NCBI для упрощения дальнейшей работы с базой. БД может представлять интерес для биоинженеров, молекулярных биологов, биотехнологов и биоинформатиков. Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) содержит актуализированную на июль 2023 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях) зарубежных и российских исследователей, посвященных продукции у С. glutamicum аминокислоты L валин и родственных соединений. В представленных источниках приводятся: биохимические реакции пути биосинтеза L валина; ферменты, их катализирующие, и гены этих ферментов; транспортные системы, участвующие в переносе L валина наружу и внутрь клетки, механизмы регуляции биосинтеза и транспорта L- валина; подходы к увеличению продукции данной аминокислоты. Ценность БД заключатся в том, что из большого массива источников, в которых описаны метаболические процессы С. glutamicum и участвующие в них гены, ферменты и регуляторные факторы, автор с использованием накопленного опыта вручную (поскольку такая работа не может быть автоматизирована) выбрал работы, содержащие данные по продукции L-валина и его предшественников. БД предназначена для использования специалистами в области создания на основе С. glutamicum продуцентов L-валина и родственных соединений, а также учёными, занимающимися изучением генетики, биохимии и физиологии коринебактерий. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)

База данных (БД) содержит актуализированную на июль 2023 года информацию о публично доступных источниках (научных статьях) зарубежных и российских исследователей, посвященных продукции у С. glutamicum аминокислоты L изолейцин и родственных соединений. В представленных источниках приводятся: биохимические реакции пути биосинтеза L-изолейцина; ферменты, их катализирующие, и гены этих ферментов; транспортные системы, участвующие в переносе L-изолейцина наружу и внутрь клетки, механизмы регуляции биосинтеза и транспорта L-изолейцина; подходы к увеличению продукции данной аминокислоты. Ценность БД заключатся в том, что из большого массива источников, в которых описаны метаболические процессы С. glutamicum и участвующие в них гены, ферменты и регуляторные факторы, автор с использованием накопленного опыта вручную (поскольку такая работа не может быть автоматизирована) выбрал работы, содержащие данные по продукции L-изолейцина, его предшественников и тех метаболитов, для которых предшественником служит сам L-изолейцин. БД предназначена для использования специалистами в области создания на основе С. glutamicum продуцентов L-валина и родственных соединений, а также учёными, занимающиеся изучением генетики, биохимии и физиологии коринебактерий. Microsoft Excel

Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" (RU)